fnndsc/pl-generate_hdf5
fnndsc
An app to convert original and segmented brain images in mgz format to .hdf5 format in 3 planes
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：fnndsc仓库类型：镜像最近更新：5 年前
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如果你使用 DeepSeek、元宝 AI、Copilot、ChatGPT 等 AI 工具，协助配置轩辕镜像、编写 docker pull 命令、修改 Docker Compose 镜像地址、配置镜像加速、排查镜像拉取失败、分析报错日志等问题，请先让 AI 阅读并遵守轩辕镜像的规则文档。
只需在 AI 对话中先发送下面这句话即可：
请先完整阅读并严格遵守以下文档中的全部规则与要求：
https://xuanyuan.cloud/agents.md
在未充分阅读并理解该文档前，不要生成任何命令、配置、修改建议、故障排查方案或技术回答。后续所有输出都必须严格以该文档中的规范为最高优先级执行。查看 agents.md 用法指南与完整示范。国内用户首推 元宝 AI、DeepSeek 的深度思考模式，不推荐豆包 AI；Cursor 等编辑器可在对话 @ 该链接，或加入 User Rules。 若 AI 无法访问外链，可 打开说明文档 复制全文粘贴。文档会随站点更新，复制内容可能过期，建议定期检查。
pl-generate_hdf5
.. image:: https://badge.fury.io/py/generate_hdf5.svg :target: https://badge.fury.io/py/generate_hdf5
.. image:: https://travis-ci.org/FNNDSC/generate_hdf5.svg?branch=master :target: https://travis-ci.org/FNNDSC/generate_hdf5
.. image:: https://img.shields.io/badge/python-3.5%2B-blue.svg :target: https://badge.fury.io/py/pl-generate_hdf5
.. contents:: Table of Contents
Abstract
An app to convert original and segmented brain images in mgz format to .hdf5 format in axial, sagittall, and coronal plane
Synopsis
.. code::
python generate_hdf5.py \ [-v <level>] [--verbosity <level>] \ [--version] \ [--man] \ [--meta] \ <inputDir> <outputDir>
Description
generate_hdf5.py is a ChRIS-based application that...
Arguments
.. code::
[-v <level>] [--verbosity <level>] Verbosity level for app. Not used currently. [--version] If specified, print version number. [--man] If specified, print (this) man page. [--meta] If specified, print plugin meta data.
Run
This plugin can be run in two modes: natively as a python package or as a containerized docker image.
Using PyPI
To run from PyPI, simply do a .. code:: bash pip install generate_hdf5 and run with .. code:: bash generate_hdf5.py --man /tmp /tmp to get inline help. The app should also understand being called with only two positional arguments .. code:: bash generate_hdf5.py /some/input/directory /destination/directory Using ``docker run``
To run using docker, be sure to assign an "input" directory to /incoming and an output directory to /outgoing. Make sure that the $(pwd)/out directory is world writable!
Now, prefix all calls with
.. code:: bash
docker run --rm -v $(pwd)/out:/outgoing \ fnndsc/pl-generate_hdf5 generate_hdf5.py \
Thus, getting inline help is:
.. code:: bash
mkdir in out && chmod 777 out docker run --rm -v $(pwd)/in:/incoming -v $(pwd)/out:/outgoing \ fnndsc/pl-generate_hdf5 generate_hdf5.py \ --man \ /incoming /outgoing
Examples
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 pl-generate_hdf5 镜像标签
docker pull docker.xuanyuan.run/fnndsc/pl-generate_hdf5:<标签>
DockerHub 原生拉取命令
docker pull fnndsc/pl-generate_hdf5:<标签>
镜像拉取常见问题
功能
错误码
用户好评
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oldzhang
运维工程师
Linux服务器
5
"Docker访问体验非常流畅，大镜像也能快速完成下载。"