Galaxy 镜像文档

镜像概述和主要用途

Galaxy是一个开源科学工作流平台，专注于生物信息学数据分析。它提供直观的Web界面，支持工具集成、工作流构建与执行，帮助科研人员高效进行数据分析、协作和结果共享。该镜像包含Galaxy平台核心组件，可快速部署并启动服务。

核心功能和特性

• 工具集成：支持从Galaxy Tool Shed安装标准化工具，或手动添加自定义工具
• 工作流管理：可视化构建、执行和共享数据分析工作流，支持复杂流程设计
• Web界面访问：通过浏览器直接访问平台，无需本地安装复杂软件环境
• 社区支持：提供Gitter、IRC等实时交流渠道，以及完善的文档和教程资源
• 跨平台兼容：基于Python 3.6构建，确保在各类操作系统环境中稳定运行

使用场景和适用范围

• 生物信息学数据分析：基因组学、转录组学、蛋白质组学等多组学数据分析
• 科研协作：团队共享数据分析流程、工具和结果，提升协作效率
• 科学教育：用于数据分析教学，演示工具使用和工作流构建过程
• 工作流开发：科研人员开发、测试和优化自定义数据分析工作流

详细使用方法和配置说明

环境要求

• Docker引擎（建议版本20.10.0+）
• 至少2GB内存和10GB磁盘空间
• 网络连接（用于访问Web界面和工具依赖下载）

快速启动步骤

1. 检查Docker环境
   确认Docker已正确安装并运行：

   $ docker --version
   Docker version 20.10.0+, build xxxxxxx
   

2. 启动Galaxy容器
   使用以下命令拉取并运行Galaxy镜像（默认映射8080端口）：

   $ docker run -d -p 8080:8080 --name galaxy-server galaxy/galaxy
   

   • -d：后台运行容器
   • -p 8080:8080：将容器8080端口映射到主机，用于Web访问
   • --name galaxy-server：指定容器名称，便于后续管理

3. 进入容器并启动服务

   $ docker exec -it galaxy-server /bin/bash
   $ sh run.sh  # 启动Galaxy服务
   

4. 访问Web界面
   服务启动后，在浏览器中访问：http://localhost:8080

工具安装与管理

1. 从Tool Shed安装工具
   参考官方教程：从Tool Shed添加工具

2. 手动添加工具

   • 编辑配置文件tool_conf.xml.sample添加工具定义
   • 登录管理员界面，通过"Manage dependencies"安装工具依赖

社区支持与资源

• 帮助中心：Galaxy Help
• 实时交流：
  • Gitter：galaxyproject/Lobby
  • IRC：#galaxyproject频道（通过Webchat访问）
• 文档中心：Galaxy Release Documentation
• 培训资源：Galaxy Training Network

问题反馈与开发

关于Galaxy的问题反馈、功能建议和开发贡献，请参考CONTRIBUTING.md。