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genomicepidemiology/resfinder

ResFinder官方镜像，用于识别细菌中的获得性抗菌药物耐药基因和染色体突变，支持FASTA/FASTQ输入，结合BLAST和KMA工具提供耐药性分析结果。

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ResFinder镜像文档

镜像概述和主要用途

ResFinder是一款用于识别细菌全基因组或部分基因组序列中获得性抗菌药物耐药基因的工具。该镜像整合了ResFinder应用程序及其所需的三个数据库（resfinder_db、pointfinder_db、disinfinder_db），提供开箱即用的耐药性分析能力。通过结合BLAST和KMA两种序列比对工具，ResFinder能够高效检测获得性耐药基因和染色体点突变，广泛应用于微生物学研究、临床诊断和公共卫生监测。

核心功能和特性

耐药基因检测：识别细菌中的获得性抗菌药物耐药基因
点突变分析：检测与耐药性相关的染色体点突变
多输入支持：兼容FASTA格式序列文件和FASTQ格式测序数据（支持单端/双端）
纳米孔数据优化：提供--nanopore选项，针对纳米孔测序数据调整分析参数
详细结果报告：生成多种格式的结果文件，包括表型预测、基因比对结果和突变详情
灵活配置：支持通过命令行参数或环境变量设置比对工具路径、数据库位置、覆盖度阈值等
Docker化部署：无需复杂依赖配置，通过Docker快速启动分析流程

使用场景和适用范围

微生物基因组分析：对细菌基因组序列进行耐药性基因筛查
抗菌药物耐药性研究：解析耐药基因分布和传播机制
临床微生物学检测：快速鉴定临床分离株的耐药谱，辅助治疗决策
公共卫生监测：监测耐药菌株的流行趋势和进化动态
食品微生物安全：评估食品源细菌的耐药性风险

详细的使用方法和配置说明

Docker快速启动

ResFinder镜像已发布至Docker Hub，镜像名称为genomicepidemiology/resfinder。以下是基本使用示例：

# 将当前目录挂载到容器内的/app目录，运行ResFinder分析FASTA文件
docker run -v "$(pwd):/app" genomicepidemiology/resfinder \
  -ifa data/test_isolate_01.fa \  # 输入FASTA文件
  -o test1 \                      # 输出目录
  -s ecoli \                      # 物种（大肠杆菌）
  --acquired \                    # 检测获得性耐药基因
  --point                         # 检测点突变

命令行参数说明

ResFinder支持多种命令行参数，核心参数如下：

参数	描述
`-ifa INPUTFASTA`	输入FASTA格式文件
`-ifq INPUTFASTQ`	输入FASTQ格式文件（支持单端/双端）
`--nanopore`	使用适用于纳米孔测序数据的KMA参数
`-o OUTPUTPATH`	输出目录（必填）
`-s SPECIES`	物种名称（如"Escherichia coli"，支持缩写如"ecoli"）
`--acquired`	检测获得性耐药基因
`--point`	检测染色体点突变
`-l MIN_COV`	最小覆盖度阈值（0-1，默认0.6）
`-t THRESHOLD`	序列一致性阈值（0-1，默认0.8）
`-h`	显示帮助信息

注意：物种名称建议使用完整学名（如"Escherichia coli"），不区分大小写，部分常见缩写（如"ecoli"）可被识别。

环境变量配置

可通过环境变量预设常用参数，优先级：命令行参数 > 环境变量 > 默认值。支持的环境变量如下：

环境变量	对应命令行参数	默认值	描述
`CGE_KMA`	`--kmaPath`	`kma`	KMA工具路径
`CGE_BLASTN`	`--blastPath`	`blastn`	BLASTN工具路径
`CGE_RESFINDER_RESGENE_DB`	`--db_path_res`	None	耐药基因数据库路径
`CGE_RESFINDER_RESPOINT_DB`	`--db_path_point`	None	点突变数据库路径
`CGE_RESFINDER_GENE_COV`	`--min_cov`	0.60	基因最小覆盖度
`CGE_RESFINDER_GENE_ID`	`--threshold`	0.80	基因序列一致性阈值

物种缩写对照表

ResFinder支持部分物种的常见缩写，如下表所示：

完整物种名称	支持的缩写形式
campylobacter jejuni	c. jejuni, c.jejuni, c jejuni, cjejuni
campylobacter coli	c. coli, c.coli, c coli, ccoli
escherichia coli	e. coli, e.coli, e coli, ecoli
salmonella enterica	s. enterica, s.enterica, s enterica, senterica

输出结果文件说明

ResFinder生成多种结果文件，主要包括：

pheno_table.txt：所有抗菌药物耐药表型的汇总表
pheno_table_species.txt：物种特异性耐药表型表
ResFinder_results.txt：耐药基因检测结果，按抗菌药物类别分组
ResFinder_results_tab.txt：耐药基因检测结果的制表符分隔表
PointFinder_results.txt：点突变检测结果的制表符分隔表
ResFinder_Resistance_gene_seq.fsa：检测到的耐药基因参考序列（FASTA格式）
.json：标准化JSON格式结果，包含所有分析数据

引用信息

使用ResFinder时，请引用以下文献：

Bortolaia V, et al. ResFinder 4.0 for predictions of phenotypes from genotypes. Journal of Antimicrobial Chemotherapy. 2020 Aug 11. PMID: 32780112. doi: 10.1093/jac/dkaa345.