shinejh0528/resfinder

ResFinder Docker镜像文档

镜像概述

本镜像基于staphb/resfinder:4.1.11构建，额外集成ncbi-blast-2.14和kma工具，主要用于细菌抗性基因（ResFinder）和染色体突变（PointFinder）检测分析，支持Docker和Singularity环境，提供高效耐药性检测能力。

版本说明

1.0.0

• 基于staphb/resfinder:4.1.11构建
• 新增工具：
  • ncbi-blast-2.14
  • kma

1.0.1

• 支持Singularity运行
• 针对Singularity修改非关键代码：
  • /resfinder/run_resfinder.py

1.0.2

• 修复Singularity运行相关热修复问题

核心功能与特性

• 检测获得性抗性基因（ResFinder）
• 检测染色体突变（PointFinder）
• 集成ncbi-blast和kma工具，提供高效序列比对
• 支持FASTA/FASTQ输入（单端/双端数据）
• 可配置覆盖度和相似度阈值
• 兼容Docker和Singularity运行环境

使用方法

基本使用

查看工具帮助信息：

bash
docker run -it shinejh0528/resfinder:1.0.0 run_resfinder.py --help

测试数据查看

1. 进入容器shell：

bash
docker run -it shinejh0528/resfinder:1.0.0 /bin/bash

2. 查看测试数据：

bash
cd /resfinder/tests/data
ll

（包含示例输入文件，用于功能验证）

功能测试

运行内置测试脚本：

bash
cd /resfinder/tests
python3 functional_tests.py -h        # 查看测试帮助
python3 functional_tests.py -res_help # 查看ResFinder帮助
python3 functional_tests.py           # 执行测试

运行示例

检测大肠杆菌抗性基因和染色体突变：

bash
run_resfinder.py -o /output/path \
  -s "Escherichia coli" \
  -l 0.6 \
  -t 0.8 \
  --acquired \
  --point \
  -ifa /input/test.fsa

参数说明：

• -o：输出路径
• -s：样本物种
• -l：最小覆盖度（0-1）
• -t：相似度阈值（0-1）
• --acquired：检测获得性抗性基因
• --point：运行PointFinder检测染色体突变
• -ifa：输入FASTA文件

Singularity运行

直接执行命令

bash
singularity run -H$PWD --bind [挂载目录1],[挂载目录2]... docker://shinejh0528/resfinder:[版本标签] [命令]

进入容器shell

bash
singularity exec -H$PWD --bind [挂载目录1],[挂载目录2]... docker://shinejh0528/resfinder:[版本标签] /bin/bash

参数说明

run_resfinder.py支持以下参数：