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gfanz
Prokka是一款快速高效的原核基因组注释工具，可自动化完成原核生物基因组的基因预测、功能注释及多格式结果输出，助力科研人员开展微生物基因组研究。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：gfanz仓库类型：镜像最近更新：3 年前
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Prokka 原核基因组注释工具镜像
镜像概述
Prokka是一款广泛应用于生物信息学领域的原核基因组注释工具，能够快速对细菌、古菌等原核生物的基因组序列进行自动化注释，生成标准化的注释结果，为科研人员提供高效的基因组分析支持。
核心功能
- 快速完成原核基因组的基因预测与功能注释
- 生成GFF3、GenBank、FASTA等多种标准格式的注释结果
- 支持自定义数据库及参数配置，适配不同研究需求
- 兼容多种原核生物基因组序列输入
使用场景
- 微生物基因组学研究中的基因功能注释
- 原核生物基因组组装后的后续注释分析
- 大规模原核基因组数据的批量处理任务
配置说明
使用该镜像时需将本地数据目录挂载至容器内的/data目录，以便工具读取输入文件并输出结果。可通过命令行参数指定注释参数（如物种类型、输出格式、数据库路径等）。
部署示例
Docker Run 基础示例
bash# 查看Prokka帮助信息 docker run --rm gfanz/prokka prokka --help # 对本地fasta文件进行注释（输入文件：input.fna，输出目录：output） docker run -v $(pwd):/data gfanz/prokka prokka --outdir /data/output --prefix sample /data/input.fna
版本信息
版本：1.14.0
引用规范
请引用：https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu153
使用指南
GFANZ Docker容器使用指南：https://gitlab.com/gfanz/genomics-tools/-/wikis/Using-GFANZ-Genomics-Tools
官方文档
Prokka官方文档：https://github.com/tseemann/prokka#invoking-prokka
源代码
源代码地址：https://github.com/tseemann/prokka
许可证
许可证：GPL v3
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
DockerHub 原生拉取命令
docker pull gfanz/prokka:<标签>
镜像拉取常见问题
功能
错误码
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oldzhang
运维工程师
Linux服务器
5
"Docker访问体验非常流畅，大镜像也能快速完成下载。"