staphb/prokka
staphb
StaPH-B联盟提供的生物信息学工具Docker镜像集合，集中管理多种常用程序的Dockerfile及文档，方便用户获取和使用，并支持Singularity兼容性。
4 次收藏下载次数: 0状态：社区镜像维护者：staphb仓库类型：镜像最近更新：4 个月前
StaPH-B Docker镜像集合
概述与主要用途
本仓库包含StaPH-B（州公共卫生实验室生物信息学）联盟成员使用的各种程序的Dockerfile及相关文件。旨在提供一个集中的Docker镜像位置，方便用户访问，并提供清晰的容器构建及使用文档。用户可通过此仓库获取生物信息学分析所需的各类工具镜像，并获取详细的使用指导。
核心功能与特性
- 集中化镜像管理：整合多种生物信息学工具的Dockerfile，统一存储和维护，便于用户查找和获取。
- 完善的文档支持：提供清晰的容器构建流程和使用说明，帮助用户快速上手。
- 社区协作机制：支持用户贡献新镜像或改进现有镜像（通过fork仓库、提交PR实现），并可提交issue反馈问题。
- Singularity兼容性：多数Docker容器可转换为Singularity格式，满足无法使用Docker的用户需求。
- 多版本支持：多数工具提供多个版本选择，适应不同分析场景需求。
使用场景与适用范围
适用于公共卫生实验室及生物信息学领域研究人员，需要使用各类生物信息学工具（如序列比对、组装、注释、变异检测等）的场景。尤其适合需要快速部署工具环境、确保分析环境一致性的用户，以及无法使用Docker而需依赖Singularity的环境。
Docker用户指南
提供详细的Docker容器使用和开发方法及最佳实践指南：
Docker用户指南
Singularity兼容性说明
对于无法使用Docker的用户，多数Docker容器可兼容Singularity并轻松转换格式。详见上述用户指南，其中包含从Docker Hub下载镜像并使用Singularity运行的说明。StaPH-B已确保容器兼容性，如发现不兼容情况，请提交issue反馈。
可用Docker镜像
 - 0.9.8 - 1.0.0 | https://github.com/tseemann/abricate |
| https://hub.docker.com/r/staphb/ariba/ | - 2.14.4 | https://github.com/sanger-pathogens/ariba |
| https://github.com/nextstrain/augur | - 6.3.0 - 7.0.2 - 8.0.0 - 9.0.0 | https://github.com/nextstrain/augur |
| https://github.com/nextstrain/auspice | - 2.12.0 | https://github.com/nextstrain/auspice |
| https://hub.docker.com/r/staphb/bbtools/ | - 38.76 - 38.86 | [***] |
| https://hub.docker.com/r/staphb/bcftools/ | - 1.10.2 - 1.11 | https://github.com/samtools/bcftools |
| https://hub.docker.com/r/staphb/bedtools/ | - 2.29.2 | [***] |
| https://hub.docker.com/r/staphb/bwa | - 0.7.17 | https://github.com/lh3/bwa |
| https://hub.docker.com/r/staphb/canu | - 2.0 | [***] https://github.com/marbl/canu |
| https://hub.docker.com/r/staphb/canu-racon/ | - 1.7.1 (Canu), 1.3.1 (Racon), 2.13 (minimap2) - 1.9 (Canu), 1.4.3 (Racon), 2.17 (minimap2) - 1.9i (Canu), 1.4.3 (Racon), 2.17 (minimap2), (+racon_preprocess.py) - 2.0 (Canu), 1.4.3 (Racon), 2.17 (minimap2) | [] https://github.com/lbcb-sci/racon https://github.com/isovic/racon (已归档) [] |
| https://hub.docker.com/r/staphb/centroid/ | - 1.0.0 | https://github.com/stjacqrm/centroid |
| https://hub.docker.com/r/staphb/cdc-spn/ | - 0.1 (无版本号) | https://github.com/BenJamesMetcalf/Spn_Scripts_Reference |
| https://hub.docker.com/r/staphb/cfsan-snp-pipeline | - 2.0.2 | https://github.com/CFSAN-Biostatistics/snp-pipeline |
| https://hub.docker.com/r/staphb/circlator | - 1.5.6 | https://github.com/sanger-pathogens/circlator |
| https://hub.docker.com/r/staphb/clustalo | - 1.2.4 | [***] |
| https://hub.docker.com/r/staphb/colorid | - 0.1.4.3 | https://github.com/hcdenbakker/colorid |
| https://hub.docker.com/r/staphb/cutshaw-report-env | - 1.0.0 | https://github.com/VADGS/CutShaw |
| https://hub.docker.com/r/staphb/emm-typing-tool | - 0.0.1 (无版本号) | https://github.com/phe-bioinformatics/emm-typing-tool |
| https://hub.docker.com/r/staphb/fastani | - 1.1 | https://github.com/ParBLiSS/FastANI |
| https://hub.docker.com/r/staphb/fasttree | - 2.1.11 | [***] |
| https://hub.docker.com/r/staphb/fastqc | - 0.11.8 | [***] https://github.com/s-andrews/FastQC |
| https://hub.docker.com/r/staphb/filtlong | - 0.2.0 | https://github.com/rrwick/filtlong |
| https://hub.docker.com/r/staphb/flye | - 2.5 - 2.7 - 2.8 | https://github.com/fenderglass/Flye |
| https://hub.docker.com/r/staphb/iqtree/ | - 1.6.7 | [***] |
| https://hub.docker.com/r/staphb/ivar/ | - 1.1 - 1.1 (+ SARS-CoV2参考序列) - 1.2.1 - 1.2.1 (+ SC2参考序列) - 1.2.2 (+SC2参考序列和artic bedfiles) | https://github.com/andersen-lab/ivar |
| https://hub.docker.com/r/staphb/kma/ | - 1.2.21 | [***] |
| https://hub.docker.com/r/staphb/kraken/ | - 1.0 - 1.0.0_wslh_signed - 1.1.1 - 1.1.1 (无数据库) | https://github.com/DerrickWood/kraken |
| https://hub.docker.com/r/staphb/kraken2/ | - 2.0.8-beta (无数据库) - 2.0.8-beta (MiniKraken2_v1_8GB数据库) - 2.0.8-beta_hv (人类+病毒数据库) - 2.0.9-beta (无数据库) - 2.0.9-beta (Minikraken v2 RefSeq: 细菌、古菌、病毒和人类8GB数据库) - 2.1.0 (无数据库) - 2.1.1 (无数据库) | https://github.com/DerrickWood/kraken2 |
| https://hub.docker.com/r/staphb/ksnp3/ | - 3.1 | [***] |
| https://hub.docker.com/r/staphb/legsta/ | - 0.3.7 - 0.5.1 | https://github.com/tseemann/legsta |
| https://hub.docker.com/r/staphb/lyveset/ | - 1.1.4f - 2.0.1 | https://github.com/lskatz/lyve-SET https://github.com/lskatz/CG-Pipeline |
| https://hub.docker.com/r/staphb/mafft/ | - 7.450 | [***] |
| https://hub.docker.com/r/staphb/mash/ | - 2.1 - 2.2 | https://github.com/marbl/Mash |
| https://hub.docker.com/r/staphb/mashtree | - 0.52.0 - 0.57.0 - 1.0.4 - 1.2.0 | https://github.com/lskatz/mashtree |
| https://hub.docker.com/r/staphb/medaka | - 0.8.1 - 1.0.1 - 1.2.0 | https://github.com/nanoporetech/medaka |
| https://hub.docker.com/r/staphb/metaphlan [
staphb/pangolin
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StaPH-B联盟的Docker镜像集中存储库，包含多种公共卫生生物信息学工具的Dockerfile及相关文件，提供清晰的构建和使用文档，支持Docker与Singularity，便于用户访问和使用，助力病原体基因组监测等公共卫生工作。
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30 天前更新
staphb/samtools
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基于htslib库的C语言工具，用于处理下一代测序数据
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10 天前更新
staphb/bcftools
staphb
用于变异检测及变异调用格式（VCF）与其二进制对应格式BCF文件处理的Docker镜像
20 次收藏100万+ 次下载
3 个月前更新
staphb/ivar
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为StaPH-B联盟成员提供多种生物信息学工具的Docker镜像集合，集中管理便于访问，包含清晰的构建与使用文档，且支持Singularity兼容。
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8 个月前更新
staphb/vadr
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StaPH-B联盟的Docker镜像仓库，提供多种生物信息学工具镜像，支持公共卫生实验室病原体基因组分析，托管于Dockerhub和Quay.io，已通过Docker开源计划解除拉取限制。
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2 个月前更新
staphb/kraken2
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Kraken2：分类学序列分类器，部分镜像包含数据库，部分不含数据库。
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4 个月前更新
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