staphb/prokka Docker 镜像 - 轩辕镜像 | Docker 镜像高效稳定拉取服务
staphb/prokkastaphb
StaPH-B联盟提供的生物信息学工具Docker镜像集合，集中管理多种常用程序的Dockerfile及文档，方便用户获取和使用，并支持Singularity兼容性。
4 次收藏下载次数: 0状态：社区镜像维护者：staphb仓库类型：镜像
StaPH-B Docker镜像集合
概述与主要用途
本仓库包含StaPH-B（州公共卫生实验室生物信息学）联盟成员使用的各种程序的Dockerfile及相关文件。旨在提供一个集中的Docker镜像位置，方便用户访问，并提供清晰的容器构建及使用文档。用户可通过此仓库获取生物信息学分析所需的各类工具镜像，并获取详细的使用指导。
核心功能与特性
- 集中化镜像管理：整合多种生物信息学工具的Dockerfile，统一存储和维护，便于用户查找和获取。
- 完善的文档支持：提供清晰的容器构建流程和使用说明，帮助用户快速上手。
- 社区协作机制：支持用户贡献新镜像或改进现有镜像（通过fork仓库、提交PR实现），并可提交issue反馈问题。
- Singularity兼容性：多数Docker容器可转换为Singularity格式，满足无法使用Docker的用户需求。
- 多版本支持：多数工具提供多个版本选择，适应不同分析场景需求。
使用场景与适用范围
适用于公共卫生实验室及生物信息学领域研究人员，需要使用各类生物信息学工具（如序列比对、组装、注释、变异检测等）的场景。尤其适合需要快速部署工具环境、确保分析环境一致性的用户，以及无法使用Docker而需依赖Singularity的环境。
Docker用户指南
提供详细的Docker容器使用和开发方法及最佳实践指南：
Docker用户指南
Singularity兼容性说明
对于无法使用Docker的用户，多数Docker容器可兼容Singularity并轻松转换格式。详见上述用户指南，其中包含从Docker Hub下载镜像并使用Singularity运行的说明。StaPH-B已确保容器兼容性，如发现不兼容情况，请提交issue反馈。
可用Docker镜像
 - 0.9.8 - 1.0.0 | [***] |
| ARIBA , 1.3.1 (Racon), 2.13 (minimap2) - 1.9 (Canu), 1.4.3 (Racon), 2.17 (minimap2) - 1.9i (Canu), 1.4.3 (Racon), 2.17 (minimap2), (+racon_preprocess.py) - 2.0 (Canu), 1.4.3 (Racon), 2.17 (minimap2) | [] [] [] (已归档) [] |
| centroid  | [***] |
| cfsan-snp-pipeline  | [***] |
| FastANI  - 1.2.1 - 1.2.1 (+ SC2参考序列) - 1.2.2 (+SC2参考序列和artic bedfiles) | [***] |
| kma  | [***] |
| Kraken2  - 2.0.8-beta (MiniKraken2_v1_8GB数据库) - 2.0.8-beta_hv (人类+病毒数据库) - 2.0.9-beta (无数据库) - 2.0.9-beta (Minikraken v2 RefSeq: 细菌、古菌、病毒和人类8GB数据库) - 2.1.0 (无数据库) - 2.1.1 (无数据库) | [***] |
| kSNP3  
staphb/pangolin
staphb
StaPH-B联盟的Docker镜像集中存储库，包含多种公共卫生生物信息学工具的Dockerfile及相关文件，提供清晰的构建和使用文档，支持Docker与Singularity，便于用户访问和使用，助力病原体基因组监测等公共卫生工作。
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1 个月前更新
staphb/samtools
staphb
基于htslib库的C语言工具，用于处理下一代测序数据
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2 个月前更新
staphb/ivar
staphb
为StaPH-B联盟成员提供多种生物信息学工具的Docker镜像集合，集中管理便于访问，包含清晰的构建与使用文档，且支持Singularity兼容。
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6 个月前更新
staphb/bcftools
staphb
用于变异检测及变异调用格式（VCF）与其二进制对应格式BCF文件处理的Docker镜像
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2 个月前更新
staphb/vadr
staphb
StaPH-B联盟的Docker镜像仓库，提供多种生物信息学工具镜像，支持公共卫生实验室病原体基因组分析，托管于Dockerhub和Quay.io，已通过Docker开源计划解除拉取限制。
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1 个月前更新
staphb/kraken2
staphb
Kraken2：分类学序列分类器，部分镜像包含数据库，部分不含数据库。
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2 个月前更新
镜像拉取常见问题
使用与功能问题
错误码与失败问题
manifest unknown 错误：镜像不存在或标签错误
manifest unknown 错误
TLS/SSL 证书验证失败：Docker pull 时 HTTPS 证书错误
TLS 证书验证失败
DNS 解析超时：无法解析镜像仓库地址或连接超时
DNS 解析超时
410 Gone 错误：Docker 版本过低导致协议不兼容
410 错误：版本过低
402 Payment Required 错误：流量耗尽错误提示
402 错误：流量耗尽
401 UNAUTHORIZED 错误：身份认证失败或登录信息错误
身份认证失败错误
429 Too Many Requests 错误：请求频率超出专业版限制
429 限流错误
Docker login 凭证保存错误：Cannot autolaunch D-Bus（不影响登录）
凭证保存错误
账号 / 计费 / 权限
用户好评
来自真实用户的反馈，见证轩辕镜像的优质服务
oldzhang
运维工程师
Linux服务器
5
"Docker访问体验非常流畅，大镜像也能快速完成下载。"
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