staphb/kraken2本仓库包含StaPH-B(州公共卫生实验室生物信息学)联盟成员使用的各种程序的Docker镜像构建所需的Dockerfile和其他相关文件。该仓库旨在提供一个集中的Docker镜像位置,方便用户访问,并提供关于容器构建方式和使用方法的清晰文档。
如果您希望贡献Docker镜像或改进现有镜像,请fork本仓库,进行修改/添加,然后提交拉取请求。如果您在使用现有镜像时遇到问题,请提交issue。我们欢迎任何形式的反馈!
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我们还创建了一份用户指南,概述了使用和开发Docker容器的方法和最佳实践。
Docker用户指南
对于许多人来说,Docker可能不是可用选项,但Singularity是。大多数Docker容器与Singularity兼容,并且可以轻松转换为Singularity格式。请参阅上面链接的用户指南,了解如何从Docker Hub下载Docker镜像以及如何使用Singularity运行它们。我们已努力确保我们的容器与Singularity兼容,但如果您发现不兼容的容器,请提交issue告知我们!
![构建状态]([***]
| 软件 | 版本 | 链接 |
|---|---|---|
| ABRicate ![docker pulls]([***] |
| [***] |
| ARIBA ![docker pulls]([***] |
| [***] |
| artic-ncov2019 ![docker pulls]([***] |
| [***] |
| artic-ncov2019-medaka ![docker pulls]([***] |
| [***] |
| artic-ncov2019-nanopolish ![docker pulls]([***] |
| [***] |
| Augur ![docker pulls]([***] |
| [***] |
| Auspice ![docker pulls]([***] |
| [***] |
| BBTools ![docker pulls]([***] |
| [***] |
| bcftools ![docker pulls]([***] |
| [***] |
| bedtools ![docker pulls]([***] |
| [] [] |
| BWA ![docker pulls]([***] |
| [***] |
| Canu ![docker pulls]([***] |
| [] [] |
| Canu-Racon ![docker pulls]([***] |
| [] [] [] [] |
| centroid ![docker pulls]([***] |
| [***] |
| CDC-SPN ![docker pulls]([***] |
| [***] |
| cfsan-snp-pipeline ![docker pulls]([***] |
| [***] |
| Circlator ![docker pulls]([***] |
| [***] |
| Clustalo ![docker pulls]([***] |
| [***] |
| colorid ![docker pulls]([***] |
| [***] |
| cutshaw-report-env ![docker pulls]([***] |
| [***] |
| emm-typing-tool ![docker pulls]([***] |
| [***] |
| FastANI ![docker pulls]([***] |
| [***] |
| FastTree ![docker pulls]([***] |
| [***] |
| FastQC ![docker pulls]([***] |
| [] [] |
| Filtlong ![docker pulls]([***] |
| [***] |
| Flye ![docker pulls]([***] |
| [***] |
| hmmer ![docker pulls]([***] |
| [***] |
| iqtree ![docker pulls]([***] |
| [***] |
| iqtree2 ![docker pulls]([***] |
| [***] |
| iVar ![docker pulls]([***] |
| [***] |
| kma ![docker pulls]([***] |
| [***] |
| Kraken ![docker pulls]([***] |
| [***] |
| Kraken2 ![docker pulls]([***] |
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manifest unknown 错误
TLS 证书验证失败
DNS 解析超时
410 错误:版本过低
402 错误:流量耗尽
身份认证失败错误
429 限流错误
凭证保存错误
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