tbattaglia/kraken2

tbattaglia/kraken2镜像说明

镜像概述

本镜像提供Kraken2（v2.08-beta）和Bracken2（v2.5.3）两款生物信息学工具，专注于DNA/RNA序列的物种分类与群落丰度定量，适用于宏基因组学、病原体检测等科研场景，支持快速集成到生物信息学分析管道中。

核心功能

1. Kraken2：基于k-mer匹配的高效序列分类工具，可快速识别序列的物种来源，支持自定义数据库；
2. Bracken2：基于Kraken2输出结果，准确估计样本中各物种的相对丰度，优化分类结果的定量精度。

使用场景

• 宏基因组学研究：分析肠道菌群、环境微生物等群落结构；
• 病原体检测：从测序数据中识别致病微生物序列；
• 生物信息学Pipeline集成：自动化处理批量测序数据，生成分类与丰度报告。

配置说明

可通过修改Dockerfile自定义工具版本或依赖环境，也可直接使用预构建镜像运行工具，需提前准备Kraken2数据库（如标准RefSeq数据库）。

部署示例

单容器运行Kraken2分类

bash
docker run --rm -v $(pwd):/data tbattaglia/kraken2 \
  kraken2 --db /path/to/kraken2_db \
  --input /data/input_reads.fastq \
  --output /data/classification_results.txt \
  --report /data/report.txt

运行Bracken估计丰度

bash
docker run --rm -v $(pwd):/data tbattaglia/kraken2 \
  bracken --input /data/report.txt \
  --db /path/to/kraken2_db \
  --output /data/abundance_results.txt \
  --level S