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StaPH-B Docker镜像集合

概述与主要用途

本仓库包含构建多种程序Docker镜像所需的Dockerfile及其他相关文件，这些程序供StaPH-B（州公共卫生实验室生物信息学）联盟成员使用。仓库旨在提供集中化的Docker镜像资源，方便用户访问，并包含关于容器构建方式和使用方法的清晰文档。

贡献方式

若您希望贡献Docker镜像或改进现有镜像，请fork本仓库，进行修改/添加，然后提交pull request。如遇现有镜像问题，请提交issue。我们欢迎所有反馈！
查看贡献详情

Docker用户指南

我们还创建了用户指南，概述了使用和开发Docker容器的方法与最佳实践。
Docker用户指南

关于Singularity

对于许多无法使用Docker的用户，Singularity是替代方案。大多数Docker容器与Singularity兼容，可轻松转换为Singularity格式。请参阅上述用户指南，了解如何从Docker Hub下载镜像并使用Singularity运行。我们已确保容器兼容Singularity，若发现不兼容情况，请提交issue告知！

可用Docker镜像

![构建状态]([***]

软件版本链接
ABRicate
![docker pulls]([***]
  • 0.8.7
  • 0.8.13
  • 0.8.13s (+serotypefinder数据库)
  • 0.9.8
  • 1.0.0
[***]
ARIBA
![docker pulls]([***]
  • 2.14.4
[***]
artic-ncov2019
![docker pulls]([***]
  • 1.3.0
[***]
artic-ncov2019-medaka
![docker pulls]([***]
  • 1.1.0
[***]
artic-ncov2019-nanopolish
![docker pulls]([***]
  • 1.1.0
[***]
Augur
![docker pulls]([***]
  • 6.3.0
  • 7.0.2
  • 8.0.0
  • 9.0.0
[***]
Auspice
![docker pulls]([***]
  • 2.12.0
[***]
BBTools
![docker pulls]([***]
  • 38.76
  • 38.86
[***]
bcftools
![docker pulls]([***]
  • 1.10.2
  • 1.11
  • 1.12
[***]
bedtools
![docker pulls]([***]
  • 2.29.2
  • 2.30.0
[]
[]
BWA
![docker pulls]([***]
  • 0.7.17
[***]
Canu
![docker pulls]([***]
  • 2.0
[]
[]
Canu-Racon
![docker pulls]([***]
  • 1.7.1 (Canu), 1.3.1 (Racon), 2.13 (minimap2)
  • 1.9 (Canu), 1.4.3 (Racon), 2.17 (minimap2)
  • 1.9i (Canu), 1.4.3 (Racon), 2.17 (minimap2), (+racon_preprocess.py)
  • 2.0 (Canu), 1.4.3 (Racon), 2.17 (minimap2)
[]
[]
[] (已归档)
[]
centroid
![docker pulls]([***]
  • 1.0.0
[***]
CDC-SPN
![docker pulls]([***]
  • 0.1 (无版本号)
[***]
cfsan-snp-pipeline
![docker pulls]([***]
  • 2.0.2
[***]
Circlator
![docker pulls]([***]
  • 1.5.6
[***]
Clustalo
![docker pulls]([***]
  • 1.2.4
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colorid
![docker pulls]([***]
  • 0.1.4.3
[***]
cutshaw-report-env
![docker pulls]([***]
  • 1.0.0
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emm-typing-tool
![docker pulls]([***]
  • 0.0.1 (无版本号)
[***]
FastANI
![docker pulls]([***]
  • 1.1
  • 1.32
  • 1.33
[***]
FastTree
![docker pulls]([***]
  • 2.1.11
[***]
FastQC
![docker pulls]([***]
  • 0.11.8
  • 0.11.9
[]
[]
Filtlong
![docker pulls]([***]
  • 0.2.0
[***]
Flye
![docker pulls]([***]
  • 2.5
  • 2.7
  • 2.8
[***]
hmmer
![docker pulls]([***]
  • 3.3
[***]
iqtree
![docker pulls]([***]
  • 1.6.7
[***]
iqtree2
![docker pulls]([***]
  • 2.1.2
[***]
iVar
![docker pulls]([***]
  • 1.1
  • 1.1 (+SARS-CoV2参考序列)
  • 1.2.1
  • 1.2.1 (+SC2参考序列)
  • 1.2.2 (+SC2参考序列和artic bed文件)
  • 1.3
  • 1.3.1
[***]
kma
![docker pulls]([***]
  • 1.2.21
[***]
Kraken
![docker pulls]([***]
  • 1.0
  • 1.0.0_wslh_signed
  • 1.1.1
  • 1.1.1 (无数据库)
[***]
Kraken2
![docker pulls]([***]
  • 2.0.8-beta (无数据库)
  • 2.0.8-beta (MiniKraken2_v1_8GB数据库)
  • 2.0.8-beta_hv (人类+病毒数据库)
  • 2.0.9-beta (无数据库)
  • 2.0.9-beta (Minikraken v2 RefSeq: 细菌、古菌、病毒和人类8GB数据库)
  • 2.1.0 (无数据库)
  • 2.1.1 (无数据库
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常见问题

轩辕镜像免费版与专业版有什么区别？

免费版仅支持 Docker Hub 加速，不承诺可用性和速度；专业版支持更多镜像源，保证可用性和稳定速度，提供优先客服响应。

轩辕镜像免费版与专业版有分别支持哪些镜像？

免费版仅支持 docker.io；专业版支持 docker.io、gcr.io、ghcr.io、registry.k8s.io、nvcr.io、quay.io、mcr.microsoft.com、docker.elastic.co 等。

流量耗尽错误提示

当返回 402 Payment Required 错误时，表示流量已耗尽，需要充值流量包以恢复服务。

410 错误问题

通常由 Docker 版本过低导致，需要升级到 20.x 或更高版本以支持 V2 协议。

manifest unknown 错误

先检查 Docker 版本，版本过低则升级；版本正常则验证镜像信息是否正确。

镜像拉取成功后，如何去掉轩辕镜像域名前缀？

使用 docker tag 命令为镜像打上新标签，去掉域名前缀，使镜像名称更简洁。

查看全部问题→

轩辕镜像下载加速使用手册

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