staphb/bbtools
staphb
StaPH-B（州公共卫生实验室生物信息学）联盟的Docker镜像仓库，包含多种公共卫生生物信息学工具的Dockerfile及相关文件，提供集中化、易访问的Docker镜像和清晰的构建与使用文档。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：staphb仓库类型：镜像最近更新：28 天前
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如果你使用 DeepSeek、元宝 AI、Copilot、ChatGPT 等 AI 工具，协助配置轩辕镜像、编写 docker pull 命令、修改 Docker Compose 镜像地址、配置镜像加速、排查镜像拉取失败、分析报错日志等问题，请先让 AI 阅读并遵守轩辕镜像的规则文档。
只需在 AI 对话中先发送下面这段话即可：
请先阅读并遵守：https://xuanyuan.cloud/agents.md
未读文档前不要生成 pull 命令或排错方案。查看 agents.md 用法指南与完整示范。国内用户首推 元宝 AI、DeepSeek 的深度思考模式，不推荐豆包 AI；Cursor 等编辑器可在对话 @ 该链接，或加入 User Rules。 若 AI 无法访问外链，可 打开说明文档 复制全文粘贴。文档会随站点更新，复制内容可能过期，建议定期检查。
docker-builds
本仓库包含StaPH-B（州公共卫生实验室生物信息学）联盟成员使用的各种程序的Dockerfile及其他相关文件，用于构建Docker镜像。该仓库旨在提供一个集中的Docker镜像位置，方便用户访问，并提供关于容器构建方式和使用方法的清晰文档。
如果您希望贡献Docker镜像或改进现有镜像，请fork本仓库，进行修改/添加，然后提交拉取请求。如果您在使用现有镜像时遇到问题，请提交issue。我们欢迎任何形式的反馈！ https://staph-b.github.io/docker-builds/contribute/
Docker用户指南
我们还创建了一份用户指南，概述了使用和开发Docker容器的方法和最佳实践。 https://staph-b.github.io/docker-builds/
关于Singularity？
对于许多人来说，Docker可能不是一个选项，但Singularity是。大多数Docker容器与Singularity兼容，并且可以轻松转换为Singularity格式。请参阅上面链接的用户指南，了解如何从Dockerhub下载Docker镜像以及如何使用Singularity运行它们。我们已努力确保我们的容器与Singularity兼容，但如果您发现不兼容的容器，请提交issue告知我们！
Docker镜像仓库与托管
我们将所有Docker镜像托管在两个不同的仓库，并定期在两者之间同步镜像：
- Dockerhub - https://hub.docker.com/r/staphb/
- Quay.io - https://quay.io/organization/staphb/
2020年11月，Docker开始对Dockerhub上托管的镜像实施拉取速率限制。这限制了每个时间段内的docker pull次数（例如，***用户每六小时允许100次拉取）。我们申请并获得了Docker的“开源计划”批准，这应该已移除所有staphb Docker镜像的拉取速率限制！🎉 🥳 如果您遇到诸如ERROR: toomanyrequests: Too Many Requests.或You have reached your pull rate limit. You may increase the limit by authenticating and upgrading: https://www.docker.com/increase-rate-limits.之类的错误，请通过https://github.com/StaPH-B/docker-builds/issues告知我们。
非常感谢Docker的工作人员支持我们分发和共享公共卫生生物信息学关键工具的努力。这在COVID-19全球大流行期间尤为重要，因为许多这些工具用于对SARS-CoV-2病毒以及其他重要公共卫生关注病原体进行基因组监测。
要了解有关Docker拉取速率限制和开源软件计划的更多信息，请参阅这些博客文章（https://www.docker.com/blog/docker-hub-image-retention-policy-delayed-and-subscription-updates/、https://www.docker.com/blog/scaling-docker-to-serve-millions-more-developers-network-egress/、https://www.docker.com/blog/expanded-support-for-open-source-software-projects/）和Docker文档（https://docs.docker.com/docker-hub/download-rate-limit/）。
注意：在下面的表格中，我们没有提供quay.io上各种工具的单独链接，请访问上面的quay.io链接以查找我们所有的Docker镜像。
可用Docker镜像
| 软件 | 版本 | 链接 |
|---|---|---|
| https://hub.docker.com/r/staphb/abricate/ |
| https://github.com/tseemann/abricate |
| https://hub.docker.com/r/staphb/any2fasta/ |
| https://github.com/tseemann/any2fasta |
| https://hub.docker.com/r/staphb/ariba/ |
| https://github.com/sanger-pathogens/ariba |
| https://hub.docker.com/r/staphb/artic-ncov2019 |
| https://github.com/artic-network/fieldbioinformatics |
| https://hub.docker.com/r/staphb/artic-ncov2019-epi2me |
| https://github.com/epi2me-labs/wf-artic |
| https://hub.docker.com/r/staphb/artic-ncov2019-medaka |
| https://github.com/artic-network/artic-ncov2019 |
| https://hub.docker.com/r/staphb/artic-ncov2019-nanopolish |
| https://github.com/artic-network/artic-ncov2019 |
| https://github.com/nextstrain/augur |
| https://github.com/nextstrain/augur |
| https://github.com/nextstrain/auspice |
| https://github.com/nextstrain/auspice |
| https://hub.docker.com/r/staphb/bbtools/ |
| https://jgi.doe.gov/data-and-tools/bbtools/ |
| https://hub.docker.com/r/staphb/bcftools/ |
| https://github.com/samtools/bcftools |
| https://hub.docker.com/r/staphb/bedtools/ |
| https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/ https://github.com/arq5x/bedtools2 |
| https://hub.docker.com/r/staphb/berrywood-report-env/ |
| none |
| https://hub.docker.com/r/staphb/bowtie2/ |
| http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/manual.shtml https://github.com/BenLangmead/bowtie2 |
| https://hub.docker.com/r/staphb/bwa |
| https://github.com/lh3/bwa |
| https://hub.docker.com/r/staphb/canu |
| https://canu.readthedocs.io/en/latest/ https://github.com/marbl/canu |
| https://hub.docker.com/r/staphb/canu-racon/ |
| https://canu.readthedocs.io/en/latest/ https://github.com/lbcb-sci/racon https://github.com/isovic/racon (ARCHIVED) https://lh3.github.io/minimap2/ |
| https://hub.docker.com/r/staphb/centroid/ |
| https://github.com/stjacqrm/centroid |
| https://hub.docker.com/r/staphb/cdc-spn/ |
| https://github.com/BenJamesMetcalf/Spn_Scripts_Reference |
| https://hub.docker.com/r/staphb/cfsan-snp-pipeline |
| https://github.com/CFSAN-Biostatistics/snp-pipeline |
| https://hub.docker.com/r/staphb/circlator |
| https://github.com/sanger-pathogens/circlator |
| https://hub.docker.com/r/staphb/clustalo |
| http://www.clustal.org/omega/ |
| https://hub.docker.com/r/staphb/colorid |
| https://github.com/hcdenbakker/colorid |
| https://hub.docker.com/r/staphb/cutshaw-report-env |
| https://github.com/VADGS/CutShaw |
| https://github.com/CDCgov/datasets-sars-cov-2 |
| https://github.com/CDCgov/datasets-sars-cov-2 |
| https://hub.docker.com/r/staphb/emm-typing-tool |
| https://github.com/phe-bioinformatics/emm-typing-tool |
| https://hub.docker.com/r/staphb/fastani |
| https://github.com/ParBLiSS/FastANI |
| https://hub.docker.com/r/staphb/fasttree |
| http://www.microbesonline.org/fasttree/ |
| https://hub.docker.com/r/staphb/fastqc |
| https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/ https://github.com/s-andrews/FastQC |
| https://hub.docker.com/r/staphb/fastq-scan |
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
DockerHub 原生拉取命令
docker pull staphb/bbtools:<标签>
镜像拉取常见问题
功能
错误码
用户好评
来自真实用户的反馈，见证轩辕镜像的优质服务
oldzhang
运维工程师
Linux服务器
5
"Docker访问体验非常流畅，大镜像也能快速完成下载。"