staphb/pangolin

StaPH-B Docker镜像仓库

概述

本仓库包含构建多种程序Docker镜像所需的Dockerfile及相关文件，这些程序主要供StaPH-B（州公共卫生实验室生物信息学）联盟成员使用。仓库旨在提供一个集中化的Docker镜像存储位置，方便用户访问，并附带关于容器构建方式和使用方法的清晰文档。

核心功能与特性

• 集中化镜像管理：整合多种公共卫生生物信息学工具的Docker镜像，便于统一查找和使用。
• 完善文档支持：提供详细的容器构建说明和使用指南，降低使用门槛。
• 多平台兼容性：支持Docker和Singularity（多数Docker容器可转换为Singularity格式运行）。
• 双仓库托管：镜像同时托管于Dockerhub和Quay.io，并定期同步，保障访问稳定性。
• 无拉取限制：已通过Docker"开源计划"认证，所有staphb镜像不受Dockerhub拉取速率限制影响。

使用场景与适用范围

适用于公共卫生实验室、生物信息学研究机构及相关人员，可用于病原体（如SARS-CoV-2等）的基因组监测、序列分析、谱系分配、耐药基因检测等公共卫生相关生物信息学工作。

镜像托管与访问

托管平台

1. Dockerhub：https://hub.docker.com/r/staphb/
2. Quay.io：[***]

拉取限制说明

2020年11月起，Dockerhub对镜像拉取实施速率限制（如***用户每6小时100次拉取）。本项目已通过Docker"开源计划"认证，staphb镜像的拉取限制已被移除。若遇到类似ERROR: toomanyrequests: Too Many Requests的拉取错误，请通过https://github.com/StaPH-B/docker-builds/issues%E5%8F%8D%E9%A6%88%E3%80%82

使用方法

Docker使用示例

拉取镜像

bash
# 拉取指定版本镜像（以abricate为例）
docker pull staphb/abricate:1.0.0

# 拉取最新版本镜像
docker pull staphb/abricate:latest

运行容器

bash
# 查看工具帮助信息
docker run --rm staphb/abricate:1.0.0 abricate --help

# 挂载本地目录并运行（处理本地文件）
docker run --rm -v $(pwd):/data staphb/abricate:1.0.0 abricate /data/input.fasta

Singularity使用说明

对于无法使用Docker的用户，多数StaPH-B Docker容器可转换为Singularity格式运行。具体方法参考https://staph-b.github.io/docker-builds/%EF%BC%8C%E5%9F%BA%E6%9C%AC%E6%AD%A5%E9%AA%A4%E5%A6%82%E4%B8%8B%EF%BC%9A

转换Docker镜像为Singularity格式

bash
singularity pull docker://staphb/abricate:1.0.0

运行Singularity容器

bash
# 查看帮助信息
singularity run abricate_1.0.0.sif abricate --help

# 处理本地文件
singularity run -B $(pwd):/data abricate_1.0.0.sif abricate /data/input.fasta

贡献与反馈

贡献方式

1. Fork本仓库
2. 进行修改或添加新镜像
3. 提交Pull Request

问题反馈

如遇现有镜像问题，请通过https://github.com/StaPH-B/docker-builds/issues%E5%8F%8D%E9%A6%88%E3%80%82%E6%AC%A2%E8%BF%8E%E6%89%80%E6%9C%89%E5%BD%A2%E5%BC%8F%E7%9A%84%E5%BB%BA%E8%AE%AE%E4%B8%8E%E5%8F%8D%E9%A6%88%EF%BC%81

贡献指南

详见https://staph-b.github.io/docker-builds/contribute/%E3%80%82

可用Docker镜像列表