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集中提供StaPH-B（州公共卫生实验室生物信息学）联盟使用的多种生物信息学工具的Docker镜像，包含清晰的构建和使用文档，方便用户访问，支持Singularity兼容性，并欢迎社区贡献。

下载次数: 0状态：社区镜像维护者：staphb仓库类型：镜像最近更新：5 年前
让 AI 帮你使用轩辕镜像？ · 展开查看说明 · 点击收起说明

如果你使用 DeepSeek、元宝 AI、Copilot、ChatGPT 等 AI 工具，协助配置轩辕镜像、编写 docker pull 命令、修改 Docker Compose 镜像地址、配置镜像加速、排查镜像拉取失败、分析报错日志等问题，请先让 AI 阅读并遵守轩辕镜像的规则文档。

只需在 AI 对话中先发送下面这句话即可：

请先完整阅读并严格遵守以下文档中的全部规则与要求：

https://xuanyuan.cloud/agents.md

在未充分阅读并理解该文档前，不要生成任何命令、配置、修改建议、故障排查方案或技术回答。后续所有输出都必须严格以该文档中的规范为最高优先级执行。

查看 agents.md 用法指南与完整示范。国内用户首推 元宝 AI、DeepSeek 的深度思考模式，不推荐豆包 AI；Cursor 等编辑器可在对话 @ 该链接，或加入 User Rules。 若 AI 无法访问外链，可 打开说明文档 复制全文粘贴。文档会随站点更新，复制内容可能过期，建议定期检查。

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docker-builds

本仓库包含构建多种程序Docker镜像所需的Dockerfile及其他相关文件，这些程序供StaPH-B（州公共卫生实验室生物信息学）联盟成员使用。仓库旨在提供一个集中的Docker镜像位置，方便用户访问，并提供关于容器构建方式和使用方法的清晰文档。

如果您希望贡献Docker镜像或改进现有镜像，请 Fork 本仓库，进行修改/添加，然后提交拉取请求。如果现有镜像存在问题，请提交issue。我们欢迎所有反馈！
https://staph-b.github.io/docker-builds/contribute/

Docker用户指南

我们还创建了一份用户指南，概述了使用和开发Docker容器的方法与最佳实践。
https://staph-b.github.io/docker-builds/

关于Singularity

对于许多人来说，Docker可能不是选项，但Singularity是。大多数Docker容器与Singularity兼容，可轻松转换为Singularity格式。请参阅上述用户指南，了解如何从DockerHub下载Docker镜像以及如何使用Singularity运行它们。我们已努力确保容器与Singularity兼容，如有不兼容情况，请提交issue告知我们！

可用Docker镜像

（构建状态仅反映已添加到TravisCI测试的容器）

软件版本链接
https://hub.docker.com/r/staphb/abricate/
  • 0.8.7
  • 0.8.13
  • 0.8.13s (+serotypefinder数据库)
  • 0.9.8
  • 1.0.0
https://github.com/tseemann/abricate
https://hub.docker.com/r/staphb/ariba/
  • 2.14.4
https://github.com/sanger-pathogens/ariba
https://hub.docker.com/r/staphb/artic-ncov2019
  • 1.3.0
https://github.com/artic-network/fieldbioinformatics
https://hub.docker.com/r/staphb/artic-ncov2019-medaka
  • 1.1.0
https://github.com/artic-network/artic-ncov2019
https://hub.docker.com/r/staphb/artic-ncov2019-nanopolish
  • 1.1.0
https://github.com/artic-network/artic-ncov2019
https://github.com/nextstrain/augur
  • 6.3.0
  • 7.0.2
  • 8.0.0
  • 9.0.0
https://github.com/nextstrain/augur
https://github.com/nextstrain/auspice
  • 2.12.0
https://github.com/nextstrain/auspice
https://hub.docker.com/r/staphb/bbtools/
  • 38.76
  • 38.86
https://jgi.doe.gov/data-and-tools/bbtools/
https://hub.docker.com/r/staphb/bcftools/
  • 1.10.2
  • 1.11
  • 1.12
https://github.com/samtools/bcftools
https://hub.docker.com/r/staphb/bedtools/
  • 2.29.2
  • 2.30.0
https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/
https://github.com/arq5x/bedtools2
https://hub.docker.com/r/staphb/bwa
  • 0.7.17
https://github.com/lh3/bwa
https://hub.docker.com/r/staphb/canu
  • 2.0
https://canu.readthedocs.io/en/latest/
https://github.com/marbl/canu
https://hub.docker.com/r/staphb/canu-racon/
  • 1.7.1 (Canu), 1.3.1 (Racon), 2.13 (minimap2)
  • 1.9 (Canu), 1.4.3 (Racon), 2.17 (minimap2)
  • 1.9i (Canu), 1.4.3 (Racon), 2.17 (minimap2), (+racon_preprocess.py)
  • 2.0 (Canu), 1.4.3 (Racon), 2.17 (minimap2)
https://canu.readthedocs.io/en/latest/
https://github.com/lbcb-sci/racon
https://github.com/isovic/racon (已归档)
https://lh3.github.io/minimap2/
https://hub.docker.com/r/staphb/centroid/
  • 1.0.0
https://github.com/stjacqrm/centroid
https://hub.docker.com/r/staphb/cdc-spn/
  • 0.1 (无版本号)
https://github.com/BenJamesMetcalf/Spn_Scripts_Reference
https://hub.docker.com/r/staphb/cfsan-snp-pipeline
  • 2.0.2
https://github.com/CFSAN-Biostatistics/snp-pipeline
https://hub.docker.com/r/staphb/circlator
  • 1.5.6
https://github.com/sanger-pathogens/circlator
https://hub.docker.com/r/staphb/clustalo
  • 1.2.4
http://www.clustal.org/omega/
https://hub.docker.com/r/staphb/colorid
  • 0.1.4.3
https://github.com/hcdenbakker/colorid
https://hub.docker.com/r/staphb/cutshaw-report-env
  • 1.0.0
https://github.com/VADGS/CutShaw
https://hub.docker.com/r/staphb/emm-typing-tool
  • 0.0.1 (无版本号)
https://github.com/phe-bioinformatics/emm-typing-tool
https://hub.docker.com/r/staphb/fastani
  • 1.1
  • 1.32
  • 1.33
https://github.com/ParBLiSS/FastANI
https://hub.docker.com/r/staphb/fasttree
  • 2.1.11
http://www.microbesonline.org/fasttree/
https://hub.docker.com/r/staphb/fastqc
  • 0.11.8
  • 0.11.9
https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/
https://github.com/s-andrews/FastQC
https://hub.docker.com/r/staphb/fastq-scan
  • 0.4.3
https://github.com/rpetit3/fastq-scan
https://hub.docker.com/r/staphb/filtlong
  • 0.2.0
https://github.com/rrwick/filtlong
https://hub.docker.com/r/staphb/flye
  • 2.5
  • 2.7
  • 2.8
https://github.com/fenderglass/Flye
https://hub.docker.com/r/staphb/hmmer
  • 3.3
[***]
https://hub.docker.com/r/staphb/iqtree/
  • 1.6.7
http://www.iqtree.org/
https://hub.docker.com/r/staphb/iqtree2/
  • 2.1.2
http://www.iqtree.org/
https://hub.docker.com/r/staphb/ivar/
  • 1.1
  • 1.1 (+SARS-CoV2参考序列)
  • 1.2.1
  • 1.2.1 (+SC2参考序列)
  • 1.2.2 (+SC2参考序列和artic bed文件)
  • 1.3
  • 1.3.1
https://github.com/andersen-lab/ivar
https://hub.docker.com/r/staphb/kma/
  • 1.2.21
https://bitbucket.org/genomicepidemiology/kma/
https://hub.docker.com/r/staphb/kraken/
  • 1.0
  • 1.0.0_wslh_signed
  • 1.1.1
  • 1.1.1 (无数据库)
https://github.com/DerrickWood/kraken
https://hub.docker.com/r/staphb/kraken2/
  • 2.0.8-beta (无数据库)</li

镜像拉取方式

您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。

轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 iqtree 镜像标签

docker pull docker.xuanyuan.run/staphb/iqtree:<标签>

使用方法：

  • 登录认证方式
  • 免认证方式

DockerHub 原生拉取命令

docker pull staphb/iqtree:<标签>

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去掉域名前缀

docker tag · 重命名

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