热门搜索:
staphb/vadr
staphb
StaPH-B联盟的Docker镜像仓库，提供多种生物信息学工具镜像，支持公共卫生实验室病原体基因组分析，托管于Dockerhub和Quay.io，已通过Docker开源计划解除拉取限制。
2 次收藏下载次数: 0状态：社区镜像维护者：staphb仓库类型：镜像最近更新：1 个月前
让 AI 帮你使用轩辕镜像？ · 展开查看说明
如果你使用 DeepSeek、元宝 AI、Copilot、ChatGPT 等 AI 工具，协助配置轩辕镜像、编写 docker pull 命令、修改 Docker Compose 镜像地址、配置镜像加速、排查镜像拉取失败、分析报错日志等问题，请先让 AI 阅读并遵守轩辕镜像的规则文档。
只需在 AI 对话中先发送下面这句话即可：
请先完整阅读并严格遵守以下文档中的全部规则与要求：
https://xuanyuan.cloud/agents.md
在未充分阅读并理解该文档前，不要生成任何命令、配置、修改建议、故障排查方案或技术回答。后续所有输出都必须严格以该文档中的规范为最高优先级执行。查看 agents.md 用法指南与完整示范。国内用户首推 元宝 AI、DeepSeek 的深度思考模式，不推荐豆包 AI；Cursor 等编辑器可在对话 @ 该链接，或加入 User Rules。 若 AI 无法访问外链，可 打开说明文档 复制全文粘贴。文档会随站点更新，复制内容可能过期，建议定期检查。
docker-builds
该仓库包含构建多种程序Docker镜像所需的Dockerfile及其他相关文件，供StaPH-B（州公共卫生实验室生物信息学）联盟成员使用。其目的是提供一个集中的Docker镜像存储库，方便用户访问，并包含容器构建方式和使用方法的清晰文档。
若您希望贡献Docker镜像或改进现有镜像，请fork本仓库，进行修改/添加后提交拉取请求。如遇现有镜像问题，请提交issue。我们欢迎所有反馈！ https://staph-b.github.io/docker-builds/contribute/
Docker用户指南
我们还创建了一份用户指南，概述了使用和开发Docker容器的方法与最佳实践。 https://staph-b.github.io/docker-builds/
关于Singularity
对于许多无法使用Docker的用户，Singularity是替代方案。大多数Docker容器与Singularity兼容，可轻松转换为Singularity格式。请参阅上述用户指南，了解如何从Docker Hub下载镜像并使用Singularity运行。我们已尽力确保容器兼容Singularity，如发现不兼容情况，请提交issue告知！
Docker镜像仓库与托管
我们在两个不同仓库托管所有Docker镜像，并定期同步：
- Dockerhub - https://hub.docker.com/r/staphb/
- Quay.io - [***]
2020年11月，Docker开始对Dockerhub托管的镜像实施拉取速率限制，限制一定时间内的docker pull次数（如***用户每6小时允许100次拉取）。我们申请并获得了Docker“开源计划”批准，理论上已移除所有staphb镜像的拉取限制！🎉 🥳 若您遇到类似ERROR: toomanyrequests: Too Many Requests.或You have reached your pull rate limit. You may increase the limit by authenticating and upgrading: https://www.docker.com/increase-rate-limits.的错误，请通过https://github.com/StaPH-B/docker-builds/issues%E5%91%8A%E7%9F%A5%E6%88%91%E4%BB%AC%E3%80%82
特别感谢Docker团队支持我们分发和共享公共卫生生物信息学关键工具的努力。这在COVID-19全球大流行期间尤为重要，许多工具用于SARS-CoV-2病毒及其他重要公共卫生病原体的基因组监测。
要了解Docker拉取速率限制和开源软件计划，请参阅以下博客文章（1, 2, 3）和Docker文档（1）。
注：下表中未提供quay.io上各工具的单独链接，请访问上述quay.io链接查看所有镜像。
可用Docker镜像
| 软件 | 版本 | 链接 |
|---|---|---|
| https://hub.docker.com/r/staphb/abricate/ |
| https://github.com/tseemann/abricate |
| https://hub.docker.com/r/staphb/any2fasta/ |
| https://github.com/tseemann/any2fasta |
| https://hub.docker.com/r/staphb/ariba/ |
| https://github.com/sanger-pathogens/ariba |
| https://hub.docker.com/r/staphb/artic-ncov2019 |
| https://github.com/artic-network/fieldbioinformatics |
| https://hub.docker.com/r/staphb/artic-ncov2019-medaka |
| https://github.com/artic-network/artic-ncov2019 |
| https://hub.docker.com/r/staphb/artic-ncov2019-nanopolish |
| https://github.com/artic-network/artic-ncov2019 |
| https://github.com/nextstrain/augur |
| https://github.com/nextstrain/augur |
| https://github.com/nextstrain/auspice |
| https://github.com/nextstrain/auspice |
| https://hub.docker.com/r/staphb/bbtools/ |
| [***] |
| https://hub.docker.com/r/staphb/bcftools/ |
| https://github.com/samtools/bcftools |
| https://hub.docker.com/r/staphb/bedtools/ |
| [***] https://github.com/arq5x/bedtools2 |
Docker部署示例
以ABRicate工具为例，从Dockerhub拉取并运行镜像：
bash# 拉取最新版本镜像 docker pull staphb/abricate:latest # 运行镜像并查看帮助文档 docker run --rm staphb/abricate abricate --help # 挂载本地数据目录运行分析 docker run --rm -v /本地数据路径:/data staphb/abricate abricate /data/input.fasta
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
DockerHub 原生拉取命令
docker pull staphb/vadr:<标签>
镜像拉取常见问题
功能
错误码
用户好评
来自真实用户的反馈，见证轩辕镜像的优质服务
oldzhang
运维工程师
Linux服务器
5
"Docker访问体验非常流畅，大镜像也能快速完成下载。"