staphb/vadr

docker-builds

该仓库包含构建多种程序Docker镜像所需的Dockerfile及其他相关文件，供StaPH-B（州公共卫生实验室生物信息学）联盟成员使用。其目的是提供一个集中的Docker镜像存储库，方便用户访问，并包含容器构建方式和使用方法的清晰文档。

若您希望贡献Docker镜像或改进现有镜像，请fork本仓库，进行修改/添加后提交拉取请求。如遇现有镜像问题，请提交issue。我们欢迎所有反馈！ https://staph-b.github.io/docker-builds/contribute/

Docker用户指南

我们还创建了一份用户指南，概述了使用和开发Docker容器的方法与最佳实践。 https://staph-b.github.io/docker-builds/

关于Singularity

对于许多无法使用Docker的用户，Singularity是替代方案。大多数Docker容器与Singularity兼容，可轻松转换为Singularity格式。请参阅上述用户指南，了解如何从Docker Hub下载镜像并使用Singularity运行。我们已尽力确保容器兼容Singularity，如发现不兼容情况，请提交issue告知！

Docker镜像仓库与托管

我们在两个不同仓库托管所有Docker镜像，并定期同步：

1. Dockerhub - https://hub.docker.com/r/staphb/
2. Quay.io - [***]

2020年11月，Docker开始对Dockerhub托管的镜像实施拉取速率限制，限制一定时间内的docker pull次数（如***用户每6小时允许100次拉取）。我们申请并获得了Docker“开源计划”批准，理论上已移除所有staphb镜像的拉取限制！🎉 🥳 若您遇到类似ERROR: toomanyrequests: Too Many Requests.或You have reached your pull rate limit. You may increase the limit by authenticating and upgrading: https://www.docker.com/increase-rate-limits.的错误，请通过https://github.com/StaPH-B/docker-builds/issues%E5%91%8A%E7%9F%A5%E6%88%91%E4%BB%AC%E3%80%82

特别感谢Docker团队支持我们分发和共享公共卫生生物信息学关键工具的努力。这在COVID-19全球大流行期间尤为重要，许多工具用于SARS-CoV-2病毒及其他重要公共卫生病原体的基因组监测。

要了解Docker拉取速率限制和开源软件计划，请参阅以下博客文章（1, 2, 3）和Docker文档（1）。

注：下表中未提供quay.io上各工具的单独链接，请访问上述quay.io链接查看所有镜像。

可用Docker镜像

Docker部署示例

以ABRicate工具为例，从Dockerhub拉取并运行镜像：

bash
# 拉取最新版本镜像
docker pull staphb/abricate:latest

# 运行镜像并查看帮助文档
docker run --rm staphb/abricate abricate --help

# 挂载本地数据目录运行分析
docker run --rm -v /本地数据路径:/data staphb/abricate abricate /data/input.fasta