hariszaf/microbetag

镜像概述

microbetag是一款微生物相互作用共现网络注释工具，专注于扩增子数据，以OTU表为输入，可自动构建共现网络（或使用用户提供的网络），并通过整合多源基因组与环境数据资源，对网络进行功能注释，助力微生物组研究。

核心功能

microbetag包含两个核心模块：

1. 通路互补模块：整合GTDB、KEGG ORGANISMS、MGnify catalogues等2万+高质量基因组资源，分析物种/菌株间的潜在代谢相互作用。
2. 环境条件与表型数据模块：利用FAPROTAX、BugBase等资源，为共现网络的每个节点添加代谢过程、氧化耐受性等标签注释。

使用场景

适用于微生物组领域的科研人员，可用于：

• 分析微生物群落中的相互作用关系
• 挖掘物种间的代谢协作机制
• 探索微生物与环境条件的关联特征

配置说明

1. 准备config.yml文件，设置所需参数（如输入路径、分析模块选择等）。
2. 通过Docker挂载本地目录，将输入文件与配置文件传递到容器内。

部署示例

拉取镜像

bash
# 拉取最新版本
docker pull hariszaf/microbetag
# 拉取指定版本
docker pull hariszaf/microbetag:tagname

（注：版本列表可查看镜像的Tags and Scans）

运行容器

bash
docker run --rm -it -v /本地输入文件夹路径:/mnt hariszaf/microbetag
./microbetag.py -conf /mnt/config.yml

状态

开发中

GitHub仓库

https://github.com/hariszaf/microbetag/

参考文献

[1] Tackmann, Janko, João Frederico Matias Rodrigues, and Christian von Mering. "Rapid inference of direct interactions in large-scale ecological networks from heterogeneous microbial sequencing data." Cell systems 9.3 (2019): 286-296.
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