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自动构建
该Docker镜像提供facets-nf流程运行环境，基于Nextflow和facets工具，实现从肿瘤与正常样本测序数据中估计分数及拷贝数变异，支持基因组和外显子组分析场景。
下载次数: 0状态：自动构建维护者：iarcbioinfo仓库类型：镜像最近更新：5 年前
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如果你使用 DeepSeek、元宝 AI、Copilot、ChatGPT 等 AI 工具，协助配置轩辕镜像、编写 docker pull 命令、修改 Docker Compose 镜像地址、配置镜像加速、排查镜像拉取失败、分析报错日志等问题，请先让 AI 阅读并遵守轩辕镜像的规则文档。
只需在 AI 对话中先发送下面这句话即可：
请先完整阅读并严格遵守以下文档中的全部规则与要求：
https://xuanyuan.cloud/agents.md
在未充分阅读并理解该文档前，不要生成任何命令、配置、修改建议、故障排查方案或技术回答。后续所有输出都必须严格以该文档中的规范为最高优先级执行。查看 agents.md 用法指南与完整示范。国内用户首推 元宝 AI、DeepSeek 的深度思考模式，不推荐豆包 AI；Cursor 等编辑器可在对话 @ 该链接，或加入 User Rules。 若 AI 无法访问外链，可 打开说明文档 复制全文粘贴。文档会随站点更新，复制内容可能过期，建议定期检查。
facets-nf镜像说明
镜像概述
本Docker镜像为IARCBioinfo/facets-nf流程提供运行环境，该流程基于Nextflow框架，集成facets工具，用于从肿瘤/正常配对测序数据中估计分数（fraction）和拷贝数变异（copy number）。目前处于开发阶段。
核心功能
- 支持肿瘤与正常样本BAM文件输入（可按文件夹或配对列表提供）
- 兼容hg19和hg38参考基因组
- 提供基因组/外显子组两种分析类型选项
- 输出拷贝数变异统计结果、可视化图表（PNG/PDF）及R数据对象
- 可配置内存分配、测序质量阈值等参数
使用场景
- 肿瘤基因组学研究中拷贝数变异分析
- 临床样本的肿瘤/正常配对测序数据处理
- 生物信息学流程自动化与可重复分析
配置说明
依赖项
- 基于Nextflow框架，需参考https://github.com/IARCbioinfo/IARC-nf获取安装与配置指南
- 外部工具：facets（镜像已包含，无需额外安装）
输入参数（必填）
| 类型 | 描述 |
|---|---|
| --tumor_bam_folder | 肿瘤BAM文件所在文件夹 |
| --normal_bam_folder | 正常BAM文件所在文件夹 |
| 或 | |
| --bam_folder | 所有BAM文件所在文件夹（末尾无"/"） |
| --tn_file | 肿瘤/正常配对BAM文件列表（制表符分隔：T.bam, N.bam） |
关键参数（必填）
| 名称 | 示例值 | 描述 |
|---|---|---|
| --ref | hg19/hg38 | 参考基因组版本（hg19或hg38） |
| --dbsnp_vcf_ref | ref/dbsnp_vcf_ref | dbSNP VCF参考文件路径 |
dbSNP参考文件下载地址：
- hg19:
wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/snp/organisms/human_9606_b150_GRCh37p13/VCF/00-common_all.vcf.gz - hg38:
wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/snp/organisms/human_9606_b150_GRCh38p7/VCF/00-common_all.vcf.gz
可选参数
| 名称 | 默认值 | 描述 |
|---|---|---|
| --mem | 4 GB | 每个Nextflow进程分配的内存 |
| --analysis_type | genome | 分析类型（genome：全基因组；exome：外显子组） |
| --min_read_count | 20/35 | 最小读长计数（genome默认20，exome默认35） |
| --out_folder | facets_out | 输出文件夹名称 |
标志参数（无值）
| 名称 | 描述 |
|---|---|
| --help | 显示帮助信息 |
| --output_pdf | 输出PDF格式图表（默认PNG） |
部署示例
使用Nextflow运行流程：
bashnextflow run iarcbioinfo/facets-nf \ --tumor_bam_folder path/to/T_BAMS \ --normal_bam_folder path/to/N_BAMS \ --analysis_type genome \ --ref hg38 \ --dbsnp_vcf_ref path/to/dbSNP_vcf_ref.vcf.gz
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 facets-nf 镜像标签
docker pull docker.xuanyuan.run/iarcbioinfo/facets-nf:<标签>
DockerHub 原生拉取命令
docker pull iarcbioinfo/facets-nf:<标签>
镜像拉取常见问题
功能
错误码
用户好评
来自真实用户的反馈，见证轩辕镜像的优质服务
oldzhang
运维工程师
Linux服务器
5
"Docker访问体验非常流畅，大镜像也能快速完成下载。"