iarcbioinfo/nf-hla-neo
iarcbioinfo
这是一个基于Nextflow的生物信息学pipeline，用于从肿瘤/正常组织配对的全基因组测序（WGS）数据中预测新抗原，支持HLA分型、变异注释及多种新抗原预测工具。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：iarcbioinfo仓库类型：镜像最近更新：5 年前
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nf-hla-neo镜像说明
镜像概述
nf-hla-neo是IARCbioinfo开发的Nextflow pipeline，专门用于从肿瘤/正常组织（T/N）配对的全基因组测序（WGS）数据中预测新抗原，整合了HLA分型、变异注释和新抗原预测等核心步骤。
核心功能
- HLA分型：通过xHLA工具完成人类白细胞抗原（HLA）基因型预测；
- 变异注释：使用Ensembl VEP工具对变异位点进行功能注释；
- 新抗原预测：借助pvactools工具计算MHC I类和II类分子结合的新抗原；
- 结果输出：生成结构化的结果目录，包含HLA分型报告、变异注释文件及新抗原预测结果。
使用场景
适用于肿瘤免疫治疗研究领域，帮助科研人员从WGS数据中挖掘潜在的肿瘤新抗原，为个性化免疫治疗方案设计提供支持。
配置说明
依赖要求
- Nextflow：需安装Nextflow（参考https://github.com/IARCbioinfo/IARC-nf%E8%8E%B7%E5%8F%96%E5%AE%89%E8%A3%85%E5%8F%8A%E9%85%8D%E7%BD%AE%E6%8C%87%E5%8D%97%EF%BC%89%EF%BC%9B
- 外部工具：xHLA、VEP、pvactools（可通过Docker/Singularity容器避免手动安装）。
输入参数（必填）
| 类型 | 描述 |
|---|---|
| --tn_file | 包含T/N配对BAM/CRAM文件列表的TSV文件 |
| --cram_dir | BAM/CRAM文件存储目录 |
| --vcf_dir | VCF文件存储目录 |
| --vep_dir | VEP注释数据库目录（hg38，GENCODE 33版本） |
| --ref | 参考基因组chr6的FASTA文件（需经BWA索引） |
可选参数
| 名称 | 类型 | 描述 |
|---|---|---|
| --pvactools_predictors | 字符串 | 新抗原预测工具（默认：all_class_i,all_class_ii，可选NetMHCpan、NetMHCIIpan） |
| --bam | 标志 | 启用BAM模式（默认：CRAM模式） |
| --output_folder | 字符串 | 输出目录名称 |
| --cpu | 整数 | CPU数量（默认：2） |
| --mem | 整数 | 最大内存（默认：8Gb） |
输出结构
结果目录包含以下核心部分：
- xHLA：HLA分型预测报告；
- VEP：变异注释文件；
- pVACTOOLS：新抗原预测结果（分MHC I类、II类及合并结果）；
- nf-pipeline_info：Nextflow运行信息（报告、时间线等）。
部署示例
Docker运行命令
bashnextflow run iarcbioinfo/nf-hla-neo -r v1.0 \ -profile docker --ref chr6.mhc.fa \ --tn_file cohort_neoantigen.tsv --cram_dir cram \ --vcf_dir vcfs --vep_dir vep-db-99 --output_folder results_hla_neo
Singularity运行命令
bashexport TMPDIR=/tmp nextflow run iarcbioinfo/nf-hla-neo -r v1.0 \ -profile singularity --ref chr6.mhc.fa \ --tn_file cohort_neoantigen.tsv --cram_dir cram \ --vcf_dir vcfs --vep_dir vep-db-99 --output_folder results_hla_neo
常见问题
- VEP数据库获取：首次使用需下载VEP数据库，可通过以下命令（Singularity容器内）：
bash
singularity pull docker://docker.io/iarcbioinfo/ensembl-vep:v1.0 singularity shell ensembl-vep_v1.0.sif vep_install -a cf -s homo_sapiens -y GRCh38 -c vep-db-99 --CONVERT - chr6 BWA索引：需对参考基因组chr6的FASTA文件进行BWA索引，以支持HLA分型的reads重新比对；
- Singularity临时目录：首次构建容器时需设置非并行文件系统的临时目录（如
export TMPDIR=/tmp）。
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
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docker pull docker.xuanyuan.run/iarcbioinfo/nf-hla-neo:<标签>
DockerHub 原生拉取命令
docker pull iarcbioinfo/nf-hla-neo:<标签>
镜像拉取常见问题
功能
错误码
用户好评
来自真实用户的反馈，见证轩辕镜像的优质服务
oldzhang
运维工程师
Linux服务器
5
"Docker访问体验非常流畅，大镜像也能快速完成下载。"