iarcbioinfo/strelka-nf

strelka-nf镜像说明

基于Nextflow的Strelka变异检测流程

镜像概述

strelka-nf镜像是整合Strelka工具与Nextflow框架的生物信息学流程，用于高效完成基因测序数据中的变异检测任务，支持正常-肿瘤样本配对分析，提供灵活的参数配置能力。

核心功能

1. 自动化执行Strelka变异检测流程
2. 支持正常与肿瘤样本的配对分析（通过pairs.txt定义）
3. 整合Nextflow流程管理，简化执行与参数配置
4. 提供详细的帮助文档与参数说明

使用场景

适用于科研机构、生物信息实验室等场景，用于基因测序数据的变异识别研究，如肿瘤基因组变异分析、遗传疾病相关变异检测等。

配置与使用说明

依赖安装

1. 安装Strelka：参考https://sites.google.com/site/strelkasomaticvariantcaller/home/strelka-workflow-installation
2. 安装Nextflow：

   bash
   curl -fsSL get.nextflow.io | bash
   sudo mv nextflow /usr/local/bin
   

流程执行

通过Nextflow直接运行GitHub托管的流程：

bash
nextflow run iarcbioinfo/strelka-nf --tn_file pairs.txt --bam_path bam_folder/ --ref ref.fasta --strelka path_to_strelka --config strelka_config.ini

帮助文档

执行以下命令查看帮助手册：

bash
nextflow run iarcbioinfo/strelka-nf --help

该命令会展示所有可选与必填参数的详细说明。

pairs.txt格式说明

pairs.txt文件用于定义待分析的正常-肿瘤样本对，为两列的制表符分隔文件：

全局参数配置

--strelka、--config、--ref为必填参数，可通过Nextflow配置文件（如~/.nextflow/config或工作目录下的config）预定义，无需在命令行输入。示例配置：

bash
profiles {
    standard {
        params {
            ref = '~/Documents/Data/references/hg19.fasta'
            strelka = '~/***/strelka/1.0.15/***/'
            config = '~/***/strelka/1.0.15/***/strelka_config_bwa_default.ini'
        }
    }
}