krdav/bcr-phylo-benchmark

B细胞受体系统发育推断基准测试镜像

镜像概述

本镜像对应matsengrp/bcr-phylo-benchmark仓库，提供一个SCons pipeline，用于使用模拟的B细胞受体（BCR）序列对多种系统发育推断工具进行基准测试。工作流包括序列模拟、工具运行及真实与推断结果的比较，支持中性和选择模型的模拟，预运行结果可通过Zenodo获取（https://doi.org/10.5281/zenodo.***）。

核心功能

1. 序列模拟：支持中性突变模型和选择模型的BCR序列模拟，生成带突变信息的系统发育树。
2. 工具集成：兼容IgPhyML、gctree、SAMM、PHYLIP（dnaml/dnapars）、IQ-TREE等主流系统发育工具。
3. 结果比较：对比真实树与推断树的差异，计算同位素错位评分。
4. 并行运行：支持多进程并行处理，提升基准测试效率。

使用场景

• 免疫学研究中评估系统发育推断工具的准确性。
• B细胞受体进化分析的方法验证与优化。
• 科研或教学中演示系统发育工具的使用与比较。

配置说明

克隆仓库

递归克隆仓库以获取子模块：

bash
git clone --recursive https://github.com/matsengrp/bcr-phylo-benchmark.git
cd bcr-phylo-benchmark
git pull --recurse-submodules

Docker部署示例

拉取镜像

bash
docker pull docker.xuanyuan.run/krdav/bcr-phylo-benchmark

构建镜像（可选）

bash
cd bcr-phylo-benchmark
docker build -t bpb .

运行容器

bash
docker run -it -v /本地目录:/容器内目录 docker.xuanyuan.run/krdav/bcr-phylo-benchmark /bin/bash
# 替换/本地目录为需挂载的本地路径，/容器内目录为容器内挂载点

序列模拟示例

中性模拟

bash
TMPDIR=/tmp xvfb-run -a python bin/simulator.py --mutability motifs/Mutability_S5F.csv --substitution motifs/Substitution_S5F.csv --outbase neutral_sim --lambda 1.5 --lambda0 0.365 --N 75 --random_seq sequence_data/AbPair_naive_seqs.fa > neut_simulator.log

选择模拟

bash
TMPDIR=/tmp xvfb-run -a python bin/simulator.py --mutability motifs/Mutability_S5F.csv --substitution motifs/Substitution_S5F.csv --outbase selection_sim --lambda 2.0 --lambda0 0.365 --T 35 --n 60 --selection --target_dist 5 --target_count 100 --carry_cap 1000 --skip_update 100 --verbose --random_seq sequence_data/AbPair_naive_seqs.fa > sele_simulator.log

SCons Pipeline使用

模拟基准测试

bash
scons --simulate --igphyml --gctree --samm_rank --dnapars --dnaml --iqtree --iqtree_option_str="-m 000000" --outdir=neutral_sim_validation --xvfb --lambda=1.5 --lambda0=0.365 --N=75 --nsim=100 --jobs=8 --random_naive="sequence_data/AbPair_naive_seqs.fa"

同位素验证

bash
scons --exp_data_test --gctree --dnapars --dnaml --igphyml --samm_rank --iqtree --iqtree_option_str="-m 000000" --outdir=isotype_validation --xvfb --jobs=10 --exp_data=isotype_validation_finalset.csv --naiveIDexp=naive

依赖项

• Python 2（Conda环境）
• 系统发育工具：IgPhyML、gctree、SAMM、PHYLIP、IQ-TREE
• Perl模块：PDL、PDL::LinearAlgebra::Trans
• 其他：libpq-dev、build-essential、xvfb等系统库