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该镜像提供Strelka 2.8.2版本的体细胞变异检测工作流，用于从肿瘤与匹配正常组织的BAM文件中识别基因组变异，支持外显子组和指定区域分析。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：lethalfang仓库类型：镜像最近更新：6 年前
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Strelka体细胞变异检测镜像
镜像概述
本镜像封装了Strelka 2.8.2版本的体细胞变异检测工作流，是一款高效的基因组变异分析工具，专注于从肿瘤样本与匹配正常样本的BAM文件中识别单核苷酸变异（SNV）和插入缺失（Indel），适用于生物信息学研究及临床基因组分析场景。
核心功能
- 体细胞SNV与Indel变异精准检测
- 支持外显子组分析模式（--exome参数）
- 可指定目标分析区域（--callRegions参数）
- 灵活配置内存资源（--callMemMb参数）
- 支持本地模式运行工作流
使用场景
- 肿瘤基因组变异研究项目
- 临床样本的体细胞突变分析
- 生物信息学 pipeline 集成
配置说明
- 挂载本地目录到容器的
/mnt路径，确保镜像可访问所需的BAM文件、参考基因组FASTA及可选的区域BED文件 - 通过参数指定肿瘤BAM（--tumorBam）、正常BAM（--normalBam）、参考基因组（--referenceFasta）等核心路径
- 根据需求添加外显子组模式、目标区域等可选参数
部署示例
配置工作流
bashdocker run -v /:/mnt -i lethalfang/strelka:2.8.2 \ /opt/strelka/bin/configureStrelkaSomaticWorkflow.py \ --tumorBam=/mnt/ABSOLUTE/PATH/TO/Tumor.bam \ --normalBam=/mnt/ABSOLUTE/PATH/TO/Matched_Normal.bam \ --referenceFasta=/mnt/ABSOLUTE/PATH/TO/GRCh38.fa \ --callMemMb=4096 \ --exome \ --callRegions=/mnt/indexBED_regions.bed.gz \ --runDir=/mnt/ABSOLUTE/PATH/TO/RESULTS/Strelka
运行工作流
bashdocker run -v /:/mnt -i lethalfang/strelka:2.8.2 \ /mnt/ABSOLUTE/PATH/TO/RESULTS/Strelka/runWorkflow.py -m local -j 1
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
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docker pull docker.xuanyuan.run/lethalfang/strelka:<标签>
DockerHub 原生拉取命令
docker pull lethalfang/strelka:<标签>
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oldzhang
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