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foldingathome

linuxserver/foldingathome

LinuxServer.io 社区镜像

LinuxServer.io提供的Folding@home Docker镜像,用于分布式蛋白质动态模拟,包括蛋白质折叠过程及与疾病相关的蛋白质运动研究。公民科学家可志愿贡献计算资源,助力生物学研究和治疗方法开发,支持多架构,配置简单,易于部署和管理。

75 次收藏下载次数: 0状态:社区镜像维护者:LinuxServer.io 社区镜像仓库类型:镜像最近更新:8 天前
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https://github.com/linuxserver/docker-foldingathome

https://foldingathome.org/%E6%98%AF%E4%B8%80%E4%B8%AA%E5%88%86%E5%B8%83%E5%BC%8F%E8%AE%A1%E7%AE%97%E9%A1%B9%E7%9B%AE%EF%BC%8C%E7%94%A8%E4%BA%8E%E6%A8%A1%E6%8B%9F%E8%9B%8B%E7%99%BD%E8%B4%A8%E5%8A%A8%E6%80%81%EF%BC%8C%E5%8C%85%E6%8B%AC%E8%9B%8B%E7%99%BD%E8%B4%A8%E6%8A%98%E5%8F%A0%E8%BF%87%E7%A8%8B%E5%92%8C%E4%B8%8E%E5%A4%9A%E7%A7%8D%E7%96%BE%E7%97%85%E7%9B%B8%E5%85%B3%E7%9A%84%E8%9B%8B%E7%99%BD%E8%B4%A8%E8%BF%90%E5%8A%A8%E3%80%82%E5%AE%83%E6%B1%87%E8%81%9A%E4%BA%86%E5%BF%97%E6%84%BF%E8%B4%A1%E7%8C%AE%E4%B8%AA%E4%BA%BA%E7%94%B5%E8%84%91%E8%AE%A1%E7%AE%97%E8%B5%84%E6%BA%90%E7%9A%84%E5%85%AC%E6%B0%91%E7%A7%91%E5%AD%A6%E5%AE%B6%EF%BC%8C%E9%80%9A%E8%BF%87%E8%BF%99%E4%BA%9B%E6%95%B0%E6%8D%AE%EF%BC%8C%E7%A7%91%E5%AD%A6%E5%AE%B6%E8%83%BD%E6%9B%B4%E5%A5%BD%E5%9C%B0%E7%90%86%E8%A7%A3%E7%94%9F%E7%89%A9%E5%AD%A6%EF%BC%8C%E5%B9%B6%E4%B8%BA%E5%BC%80%E5%8F%91%E6%B2%BB%E7%96%97%E6%96%B9%E6%B3%95%E6%8F%90%E4%BE%9B%E6%96%B0%E6%9C%BA%E4%BC%9A%E3%80%82

https://foldingathome.org/wp-content/uploads/2016/09/folding-at-home-logo.png](https://foldingathome.org/)

LinuxServer.io团队提供的此容器具有以下特点:

  • 定期及时的应用更新
  • 简单的用户映射(PGID、PUID)
  • 带有s6 overlay的自定义基础镜像
  • 每周基础操作系统更新,在整个LinuxServer.io生态系统中共享通用层,以最小化空间占用、 downtime和带宽
  • 定期安全更新

支持的架构

我们利用docker manifest实现多平台支持。只需拉取lscr.io/linuxserver/foldingathome:latest即可获取适合您架构的正确镜像,也可通过标签拉取特定架构镜像。

支持的架构:

架构可用标签
x86-64✅amd64-<版本标签>
arm64✅arm64v8-<版本标签>

应用设置

此镜像部署Folding@home客户端,界面可通过[***]

在设置容器前,请先在[***]

使用令牌和机器名称创建容器后,实例将列于Web应用中,可在该处进行控制。之后,ACCOUNT_TOKEN和MACHINE_NAME变量可移除,因为实例已与在线账户关联,配置信息存储在config文件夹中。

从7.6版本迁移

Fah-client 8版本经过重写,存在一些我们无法在容器中自动缓解的破坏性变更。与v7不同,v8不再捆绑本地WebGUI,Web应用从在线源加载,且只能自动检测与浏览器运行在同一台机器(物理机)上的实例,这在Docker容器中无法实现。因此,升级到v8需注册在线账户,获取账户令牌,并通过新环境变量ACCOUNT_TOKEN及MACHINE_NAME(友好名称)进行设置。

GPU硬件加速

Nvidia

Nvidia硬件加速用户需在主机上安装Nvidia提供的容器运行时,安装说明见:https://docs.nvidia.com/datacenter/cloud-native/container-toolkit/latest/install-guide.html%E3%80%82%E6%88%91%E4%BB%AC%E4%BC%9A%E8%87%AA%E5%8A%A8%E6%B7%BB%E5%8A%A0%E5%BF%85%E8%A6%81%E7%9A%84%E7%8E%AF%E5%A2%83%E5%8F%98%E9%87%8F%E4%BB%A5%E5%88%A9%E7%94%A8%E4%B8%BB%E6%9C%BAGPU%E7%9A%84%E6%89%80%E6%9C%89%E5%8F%AF%E7%94%A8%E5%8A%9F%E8%83%BD%E3%80%82%E5%AE%89%E8%A3%85Nvidia%E5%AE%B9%E5%99%A8%E5%B7%A5%E5%85%B7%E5%8C%85%E5%90%8E%EF%BC%8C%E9%9C%80%E4%BD%BF%E7%94%A8Nvidia%E5%AE%B9%E5%99%A8%E8%BF%90%E8%A1%8C%E6%97%B6%E9%87%8D%E6%96%B0%E5%88%9B%E5%BB%BADocker%E5%AE%B9%E5%99%A8%EF%BC%9A%60--runtime=nvidia%60%EF%BC%8C%E5%B9%B6%E6%B7%BB%E5%8A%A0%E7%8E%AF%E5%A2%83%E5%8F%98%E9%87%8F%60-e NVIDIA_VISIBLE_DEVICES=all(也可设为特定GPU的UUID,可通过nvidia-smi --query-gpu=gpu_name,gpu_uuid --format=csv`查看)。Nvidia会自动将主机的GPU和驱动挂载到Folding@home容器中。

只读操作

此镜像可在只读容器文件系统下运行,详情请参阅https://docs.linuxserver.io/misc/read-only/%E3%80%82

使用方法

以下提供docker-compose和docker cli两种使用方式帮助您创建容器。

[!NOTE] 除非标记为“可选”,否则所有参数为必填项,必须提供值。

docker-compose(推荐,https://docs.linuxserver.io/general/docker-compose%EF%BC%89

yaml
---
services:
  foldingathome:
    image: docker.xuanyuan.run/linuxserver/foldingathome:latest
    container_name: foldingathome
    environment:
      - PUID=1000
      - PGID=1000
      - TZ=Etc/UTC
      - ACCOUNT_TOKEN=
      - MACHINE_NAME=
      - CLI_ARGS= #可选
    volumes:
      - /path/to/foldingathome/data:/config
    ports:
      - 7396:7396 #可选
    restart: unless-stopped

docker cli (https://docs.docker.com/engine/reference/commandline/cli/)

bash
docker run -d \
  --name=foldingathome \
  -e PUID=1000 \
  -e PGID=1000 \
  -e TZ=Etc/UTC \
  -e ACCOUNT_TOKEN= \
  -e MACHINE_NAME= \
  -e CLI_ARGS= `#optional` \
  -p 7396:7396 `#optional` \
  -v /path/to/foldingathome/data:/config \
  --restart unless-stopped \
  lscr.io/linuxserver/foldingathome:latest

参数

容器通过运行时参数配置(如上述示例)。参数格式为<外部>:<内部>,例如-p 8080:80表示将容器内80端口映射到主机8080端口。

参数功能
-p 7396Folding@home Web界面(重定向至[***]
-e PUID=1000用户ID - 详见下文说明
-e PGID=1000组ID - 详见下文说明
-e TZ=Etc/UTC指定时区,详见时区列表。
-e ACCOUNT_TOKEN=在[***]
-e MACHINE_NAME=为此实例分配友好名称(无空格),首次启动时必填。
-e CLI_ARGS=可选,在容器启动时向fah-client传递额外命令行参数。
-v /configFolding@home存储数据库和配置文件的路径。
--read-only=true以只读文件系统运行容器,详情请https://docs.linuxserver.io/misc/read-only/%E3%80%82

环境变量从文件(Docker secrets)

可通过特殊前缀FILE__从文件设置任何环境变量。例如:

bash
-e FILE__MYVAR=/run/secrets/mysecretvariable

这将根据/run/secrets/mysecretvariable文件内容设置环境变量MYVAR。

Umask设置

所有镜像支持通过可选环境变量-e UMASK=022覆盖容器内服务的默认umask设置。注意umask不是chmod,它基于值减少权限而非增加,使用前请参阅相关说明。

用户/组标识符

使用卷(-v参数)时,主机OS与容器间可能出现权限问题。通过指定用户PUID和组PGID可避免此问题。确保主机上的卷目录归指定用户所有,权限问题将迎刃而解。

示例中PUID=1000和PGID=1000,可通过id your_user命令查看您的ID:

bash
id your_user

输出示例:

text
uid=1000(your_user) gid=1000(your_user) groups=1000(your_user)

Docker Mods

https://img.shields.io/badge/dynamic/yaml?color=94398d&labelColor=555555&logoColor=ffffff&style=for-the-badge&label=foldingathome&query=%24.mods%5B%27foldingathome%27%5D.mod_count&url=https%3A%2F%2Fraw.githubusercontent.com%2Flinuxserver%2Fdocker-mods%2Fmaster%2Fmod-list.yml](https://mods.linuxserver.io/?mod=foldingathome "查看此容器可用的Mods") https://img.shields.io/badge/dynamic/yaml?color=94398d&labelColor=555555&logoColor=ffffff&style=for-the-badge&label=universal&query=%24.mods%5B%27universal%27%5D.mod_count&url=https%3A%2F%2Fraw.githubusercontent.com%2Flinuxserver%2Fdocker-mods%2Fmaster%2Fmod-list.yml](https://mods.linuxserver.io/?mod=universal "查看可用的通用Mods")

我们发布多种https://github.com/linuxserver/docker-mods%E4%BB%A5%E6%89%A9%E5%B1%95%E5%AE%B9%E5%99%A8%E5%8A%9F%E8%83%BD%E3%80%82%E4%B8%8A%E8%BF%B0%E5%8A%A8%E6%80%81%E5%BE%BD%E7%AB%A0%E9%93%BE%E6%8E%A5%E5%8F%AF%E8%AE%BF%E9%97%AE%E6%AD%A4%E9%95%9C%E5%83%8F%E4%B8%93%E7%94%A8Mods%E5%8F%8A%E9%80%82%E7%94%A8%E4%BA%8E%E6%89%80%E6%9C%89%E9%95%9C%E5%83%8F%E7%9A%84%E9%80%9A%E7%94%A8Mods%E5%88%97%E8%A1%A8%E3%80%82

支持信息

  • 容器运行时Shell访问:

    bash
    docker exec -it foldingathome /bin/bash
    
  • 实时监控容器日志:

    bash
    docker logs -f foldingathome
    
  • 容器版本号:

    bash
    docker inspect -f '{{ index .Config.Labels "build_version" }}' foldingathome
    
  • 镜像版本号:

    bash
    docker inspect -f '{{ index .Config.Labels "build_version" }}' lscr.io/linuxserver/foldingathome:latest
    

更新信息

大多数镜像为静态、版本化,需更新镜像并重建容器以更新内部应用。除特殊说明外,不建议或支持在容器内更新应用。请参考上文应用设置部分确认是否适用于此镜像。

通过Docker Compose更新

  • 更新镜像:

    • 所有镜像:

      bash
      docker-compose pull
      
    • 单个镜像:

      bash
      docker-compose pull foldingathome
      
  • 更新容器:

    • 所有容器:

      bash
      docker-compose up -d
      
    • 单个容器:

      bash
      docker-compose up -d foldingathome
      
  • 清理旧镜像:

    bash
    docker image prune
    

通过Docker Run更新

  • 更新镜像:

    bash
    docker pull docker.xuanyuan.run/linuxserver/foldingathome:latest
    
  • 停止运行中的容器:

    bash
    docker stop foldingathome
    
  • 删除容器:

    bash
    docker rm foldingathome
    
  • 使用相同参数重建容器(若卷映射正确,/config文件夹及设置将保留)

  • 清理旧镜像:

    bash
    docker image prune
    

镜像更新通知 - Diun(Docker Image Update Notifier)

[!TIP] 推荐使用https://crazymax.dev/diun/%E6%8E%A5%E6%94%B6%E6%9B%B4%E6%96%B0%E9%80%9A%E7%9F%A5%E3%80%82%E4%B8%8D%E5%BB%BA%E8%AE%AE%E6%88%96%E6%94%AF%E6%8C%81%E4%BD%BF%E7%94%A8%E5%85%B6%E4%BB%96%E8%87%AA%E5%8A%A8%E6%9B%B4%E6%96%B0%E5%AE%B9%E5%99%A8%E7%9A%84%E5%B7%A5%E5%85%B7%E3%80%82

本地构建

如需本地修改镜像进行开发或自定义:

bash
git clone https://github.com/linuxserver/docker-foldingathome.git
cd docker-foldingathome
docker build \
  --no-cache \
  --pull \
  -t lscr.io/linuxserver/foldingathome:latest .

可使用lscr.io/linuxserver/qemu-static在x86_64硬件上构建ARM变体,反之亦然:

bash
docker run --rm --privileged docker.xuanyuan.run/linuxserver/qemu-static --reset

注册后,可通过-f Dockerfile.aarch64指定架构对应的Dockerfile。

版本历史

  • 10.08.24: - 添加libexpat1以支持Nvidia。
  • 25.06.24: - 破坏性变更 - 详见应用设置部分。重构镜像以支持F@H v8。
  • 15.06.24: - 基于Ubuntu Noble重建,添加可选命令行参数。
  • 14.12.22: - 基于Ubuntu Jammy重建,迁移至s6v3。
  • 15.01.22: - 基于Ubuntu Focal重建。添加arm64v8构建(仅CPU)。增加关于GPU驱动权限设置的详细说明。
  • 09.01.21: - 添加nvidia.icd。
  • 14.04.20: - 添加Folding@home***链接。
  • 20.03.20: - 初始发布。

镜像拉取方式

您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本,请访问 标签列表页面。

轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 foldingathome 镜像标签

docker pull docker.xuanyuan.run/linuxserver/foldingathome:<标签>

使用方法:

  • 登录认证方式
  • 免认证方式

DockerHub 原生拉取命令

docker pull linuxserver/foldingathome:<标签>

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