marcindulak/gpaw-openmpi

镜像概述和主要用途

本Docker镜像为GPAW（[***] Hub获取：https://hub.docker.com/r/marcindulak/gpaw-openmpi%E3%80%82

核心功能和特性

• 基于Fedora操作系统，集成OpenMPI以支持并行计算
• 预配置GPAW运行环境，可直接用于执行GPAW计算作业
• 支持挂载本地目录作为数据卷，方便获取计算输出文件
• 提供Docker Compose配置选项，简化多节点作业部署

使用场景和适用范围

适用于需要运行GPAW计算作业的科研人员或开发者，尤其适合需要快速部署GPAW环境、避免本地依赖配置问题的场景。支持单机多进程计算，可通过挂载本地目录实现计算输入输出的便捷管理。

使用方法

前提条件

首先确保已正确安装Docker，能够运行docker run hello-world示例（参考：[***]

注意：Windows系统需安装Docker Desktop for Windows（https://hub.docker.com/editions/community/docker-ce-desktop-windows%EF%BC%89%E3%80%82%E8%8B%A5%E9%81%87%E5%88%B0%E2%80%9Cimage operating system "linux" cannot be used on this platform”错误，请切换至Linux容器模式（参考：[***]

测试基本功能

运行以下命令测试GPAW的基本MPI功能：

sh
docker run --rm -it marcindulak/gpaw-openmpi:latest bash -c '. /etc/profile.d/modules.sh&& module use /usr/share/modulefiles&& module load mpi/openmpi-x86_64&& mpiexec --allow-run-as-root -np 2 python3 -c "import gpaw.mpi; print(gpaw.mpi.rank)"'

运行GPAW作业

为使GPAW生成的输出文件能在本地访问，需创建本地存储目录（以myjob为例）：

sh
mkdir myjob

在myjob目录中创建GPAW输入脚本（如h2.py）。

方法一：使用docker-compose运行

创建docker-compose.myjob.yml文件，运行：

sh
docker-compose -f docker-compose.myjob.yml up --exit-code-from gpaw

作业完成后，移除容器：

sh
docker-compose -f docker-compose.myjob.yml down

方法二：手动运行

直接使用docker run命令，将本地myjob目录挂载为容器内/mnt卷：

sh
docker run --name myjob --rm -it -v "$(pwd)/myjob:/mnt" marcindulak/gpaw-openmpi:latest bash -c '. /etc/profile.d/modules.sh&& module use /usr/share/modulefiles&& module load mpi/openmpi-x86_64&& cd /mnt&& mpiexec --allow-run-as-root -np 2 python3 h2.py'

检查输出文件

作业完成后，通过本地目录查看输出：

sh
cat myjob/h2.txt

本地构建

基于本地Dockerfile构建镜像：

sh
docker build -t gpaw-openmpi .

列出本地镜像：

sh
docker images

镜像标签约定

镜像标签格式为GPAW版本-构建号（例如1.4.0-1），对应Dockerfile中ENV值定义的版本。注意该标签可能对应Fedora RPM包版本（如1.4.0-10.fc30.x86_64）。

依赖项

• docker
• （可选）docker-compose

许可证

本Dockerfile的许可证为Apache-2.0。

注意：请同时参考GPAW软件自身的许可证（[***]

待办事项