mcneilco/acas-oss

ACAS（分析捕获与分析系统）

镜像概述和主要用途

ACAS（Assay Capture and Analysis System）是一个基于NodeJS/Web的开源应用，用于实验数据捕获与分析。该镜像包含ACAS核心功能，可通过Docker环境部署完整应用栈，支持实验加载、剂量反应分析、化合物注册等功能，并提供各类API接口。

核心功能和特性

• 模块集成：包含实验加载器（Experiment Loader）、剂量反应（Dose Response）、化合物注册（Compound Registration）等核心模块
• API支持：提供多种ACAS API接口，支持数据交互与集成
• 数据库兼容：支持Postgres数据库（可选Oracle）
• Docker化部署：可通过Docker Compose编排完整应用栈，简化部署流程

使用场景和适用范围

适用于科研机构、制药企业等需要进行实验数据管理、化合物分析和注册的场景，尤其适合需要标准化数据捕获与分析流程的团队。

使用方法和配置说明

环境要求

• Docker（推荐Docker for Mac或Docker for Windows）
• 内存：至少4GB，建议8GB

安装步骤

1. 准备工作文件夹

bash
mkdir -p ~/Documents/mcneilco/oss/

2. 构建必要镜像

部分镜像因许可证限制需手动构建：

ACAS Roo Server

bash
cd ~/Documents/mcneilco/oss/
git clone git@github.com:mcneilco/acas-roo-server.git
cd acas-roo-server
docker build -t mcneilco/acas-roo-server-oss:latest .

ACAS Compound Registration Roo Server

1. 下载ChemAxon JChem Suite（版本16.4.25.0）：

   • 访问ChemAxon官网
   • 下载jchem-merged-lib-16.4.25.0.zip并解压，将jchem.jar重命名为jchem-16.4.25.0.jar

2. 构建镜像：

bash
cd ~/Documents/mcneilco/oss/
git clone git@github.com:mcneilco/acas-cmpdreg-roo-server.git
cd acas-cmpdreg-roo-server
mkdir lib
cp <path/to/jchem-16.4.25.0.jar> lib/
docker build -t mcneilco/acas-cmpdreg-roo-server-oss:latest .

3. 获取ACAS主仓库

bash
cd ~/Documents/mcneilco/oss/
git clone git@github.com:mcneilco/acas.git
cd acas

4. 配置ChemAxon许可证和资源

bash
mkdir -p chemaxon/licenses
# 放置许可证文件
cp <path/to/marvin4js-license.cxl> chemaxon/licenses/
cp <path/to/license.cxl> chemaxon/licenses/
# 放置marvinjs资源
cp -r <path/to/marvinjs-16.10.17-all> chemaxon/marvinjs/

5. 启动ACAS应用栈

bash
docker-compose up -d

登录与用户创建

1. 访问http://localhost:3000
2. 创建默认用户（通过API）：

bash
curl localhost:3001/api/systemTest/getOrCreateACASBob
curl localhost:3001/api/systemTest/getOrCreateGlobalProject
curl localhost:3001/api/systemTest/getOrCreateGlobalProjectRole
curl localhost:3001/api/systemTest/giveBobRoles
curl localhost:3001/api/systemTest/getOrCreateCmpdRegBob
curl localhost:3001/api/systemTest/syncRoles

或运行脚本：./docker_bob_setup.sh

默认用户：bob，密码：secret

日志查看

bash
# 查看所有容器日志
docker-compose logs -f
# 查看特定服务日志（如tomcat）
docker-compose logs --tail=20 -f tomcat

停止服务

bash
docker-compose down

故障排除

• Tomcat数据库连接问题：若Tomcat启动时数据库未就绪，可重启Tomcat：

bash
docker-compose restart tomcat

可用Docker镜像

• https://hub.docker.com/r/mcneilco/acas-oss
• https://hub.docker.com/r/mcneilco/racas-oss
• https://hub.docker.com/r/mcneilco/acas-postgres

许可证

ACAS遵循GPL v3许可证。ChemAxon的JChemBase和Marvin JS需单独获取有效许可证，详情请联系***。

版权

Copyright (c) 2012-2016 John McNeil & Co. Inc. 保留所有权利。