mgibio/bam_readcount_helper-cwl

bam_readcount_helper-cwl Docker镜像文档

镜像概述和主要用途

本镜像包含bam-readcount工具及部分额外文件，专门设计用于CWL（Common Workflow Language）工作流中，支持基因组数据分析流程的执行。

核心功能和特性

• 集成bam-readcount工具，用于读取BAM文件中的测序数据计数
• 包含辅助CWL工作流运行的实用文件
• 支持标准Docker容器化部署，便于在各类计算环境中复用

使用场景和适用范围

适用于需要在CWL工作流中进行readcount分析的基因组学研究场景，可作为数据分析流程中的关键组件，支持标准化、可重复的生物信息学分析。

使用方法和配置说明

镜像更新、构建与推送步骤

1. 准备版本分支

bash
# 基于最新版本克隆仓库并创建新分支
git clone griffithlab/bam_readcount_helper-cwl:1.2.1
cd bam_readcount_helper-cwl
git checkout 1.2.0
git checkout -b 1.2.1

2. 修改Dockerfile

根据需求更新Dockerfile内容（具体修改步骤需根据实际需求补充）。

3. 构建镜像

bash
docker build -t griffithlab/bam_readcount_helper-cwl:1.2.1 .

4. 本地测试

bash
# 启动容器并进入交互式bash环境验证
docker run --rm -it --entrypoint /bin/bash griffithlab/bam_readcount_helper-cwl:1.2.1

5. 推送至DockerHub测试

bash
docker login
docker push griffithlab/bam_readcount_helper-cwl:1.2.1

6. 完成测试后的后续流程

测试完成后，将Git分支推送到基因组仓库。分支推送后，自动化构建流程将触发，在mgibio DockerHub仓库创建镜像：
https://hub.docker.com/r/mgibio/bam_readcount_helper-cwl/tags