mgibio/bam-readcount

docker-bam-readcount 镜像文档

镜像概述与主要用途

本镜像基于Ubuntu Focal构建，内置 bam-readcount v1.0.1 工具（注意：构建基于 v1.0.0 标签，而非 master 分支，可通过编辑 Dockerfile 修改为使用 master 分支或其他分支/标签）。镜像在Dockerhub上提供对应构建，可直接拉取使用。bam-readcount 二进制文件安装路径为 /usr/bin/bam-readcount。

核心功能与特性

• 内置工具：包含 bam-readcount v1.0.1，用于BAM文件与FASTA参考序列的读取计数分析。
• 可执行模式：设置 ENTRYPOINT ["/usr/bin/bam-readcount"]，容器可直接作为 bam-readcount 可执行程序运行。
• 灵活挂载：支持通过 -v 参数挂载本地目录，使容器访问本地数据文件。
• 交互式支持：可覆盖 ENTRYPOINT 以运行交互式shell，适用于调试或访问容器内测试数据。

使用场景

适用于测序数据分析中对BAM文件和FASTA参考序列进行读取计数的场景，尤其适合需要快速部署 bam-readcount 运行环境，避免本地依赖配置的用户。

使用方法

拉取镜像

可从Dockerhub直接拉取镜像：

bash
docker pull mgibio/bam-readcount

通过 ENTRYPOINT 运行

由于镜像设置了 ENTRYPOINT ["/usr/bin/bam-readcount"]，容器可直接作为 bam-readcount 可执行程序运行。例如，对当前工作目录下的FASTA参考序列 REFERENCE 和BAM文件 BAMFILE 进行分析：

bash
# --rm：运行结束后移除容器
# -v $(pwd):$(pwd)：将当前工作目录挂载到容器内相同路径
# -w $(pwd)：设置容器内工作目录为当前工作目录
docker run --rm -v $(pwd):$(pwd) -w $(pwd) mgibio/bam-readcount -f REFERENCE BAMFILE

交互式使用

可通过覆盖 ENTRYPOINT 进入交互式shell，适用于调试或使用容器内测试数据。

访问容器内测试数据

容器内置测试数据，可通过以下命令进入交互式环境并运行测试：

bash
# --rm：运行结束后移除容器
# -it：启用交互式终端
# --entrypoint /bin/bash：覆盖ENTRYPOINT，运行bash shell
docker run --rm -it --entrypoint /bin/bash mgibio/bam-readcount

进入容器后，工作目录为 /opt/bam-readcount，测试数据位于 test-data 目录。运行 bam-readcount 测试：

bash
# -w1：测试BAM文件无SM标签，仅显示一次警告以避免每条读取都输出警告
root@3a0a8df8b278:/opt/bam-readcount# bam-readcount -w1 -f test-data/ref.fa test-data/test.bam

挂载本地数据进行交互式分析

如需使用本地数据，可通过 -v 参数挂载本地目录并设置工作目录：

bash
# 将当前本地目录挂载到容器内相同路径，并设置为工作目录
docker run --rm -it -v $(pwd):$(pwd) -w $(pwd) --entrypoint /bin/bash mgibio/bam-readcount

资源

• bam-readcount 源码与文档：https://github.com/genome/bam-readcount
• Docker 文档：<[***]>