mgibio/gdc-client

docker-gdc-client

镜像概述

docker-gdc-client是一个封装了GDC（Genomic Data Commons）客户端的Docker镜像，旨在提供便捷、一致的GDC客户端运行环境。GDC客户端是与GDC数据门户交互的核心工具，主要用于基因组数据的下载、上传及传输任务管理。该镜像消除了手动安装配置GDC客户端及其依赖的复杂性，确保在不同系统环境中均能稳定运行。

核心功能与特性

• 即开即用：内置完整的GDC客户端运行环境，无需额外安装依赖
• 环境一致性：通过容器化确保在各类操作系统中提供统一的客户端行为
• 简化操作：可直接通过Docker命令执行GDC客户端的所有功能
• 数据安全：支持通过卷挂载实现本地数据与容器隔离，保护数据完整性

使用场景

• 基因组学研究中从GDC数据门户获取标准化肿瘤基因组数据
• 向GDC数据门户提交研究数据
• 自动化数据处理流程中集成GDC数据传输功能
• 多环境下的GDC客户端统一部署与版本控制

使用方法

基本命令格式

bash
docker run --rm docker.xuanyuan.run/gdc-client [GDC客户端命令及参数]

查看客户端帮助信息

bash
docker run --rm docker.xuanyuan.run/gdc-client --help

数据下载示例

1. 准备工作：

   • 从GDC数据门户获取访问令牌（token文件）
   • 创建本地数据目录（如./gdc-data）

2. 执行下载：

bash
docker run --rm -v $(pwd)/gdc-data:/data docker.xuanyuan.run/gdc-client download \
  -t /data/gdc-token.txt \
  -d /data \
  <数据UUID>

参数说明：

• -v $(pwd)/gdc-data:/data：将本地gdc-data目录挂载到容器内/data目录
• -t /data/gdc-token.txt：指定GDC访问令牌文件路径（需提前放入本地挂载目录）
• -d /data：设置下载文件保存目录（容器内路径，对应本地挂载目录）
• <数据UUID>：需下载数据的GDC唯一标识符

数据上传示例

bash
docker run --rm -v $(pwd)/gdc-upload:/upload docker.xuanyuan.run/gdc-client upload \
  -t /upload/gdc-token.txt \
  -m /upload/manifest.json \
  /upload/data

参数说明：

• -m /upload/manifest.json：指定上传数据的manifest文件
• /upload/data：指定本地待上传数据目录（需挂载到容器内）

查看客户端版本

bash
docker run --rm docker.xuanyuan.run/gdc-client --version

注意事项

• 访问GDC数据门户需要有效的访问令牌，令牌可从GDC官网申请
• 大数据传输时建议增加--timeout参数设置适当超时时间（单位：秒）
• 确保本地挂载目录有足够权限，避免容器内读写操作失败
• 可通过-h或--help参数查看GDC客户端完整命令及参数说明