sbamin/gdc-client

gdc-client Docker镜像

https://img.shields.io/docker/build/sbamin/gdc-client.svg](https://hub.docker.com/r/sbamin/gdc-client/) https://img.shields.io/github/release/sbamin/gdc-client.svg](https://github.com/sbamin/gdc-client/releases/tag/v1.3.0) https://img.shields.io/github/issues/sbamin/gdc-client.svg](https://github.com/sbamin/gdc-client/issues) https://img.shields.io/website-up-down-green-red/http/shields.io.svg?label=How-To]([***]

镜像概述

本镜像提供NCI GDC（美国国家癌症研究所基因组数据公共数据库）gdc-client工具的容器运行环境，支持非root用户身份运行，并可映射主机用户/组ID到容器内用户，保障操作安全性与文件权限一致性。

核心功能

1. 运行gdc-client工具，执行基因组数据的下载、处理等相关任务；
2. 支持非root用户运行容器，降低权限风险；
3. 允许映射主机用户ID（UID）和组ID（GID）到容器内用户，避免文件权限冲突。

版本信息

• 1.3.0或latest：基于GDC官网预构建的Ubuntu二进制文件；
• 1.3.0.b1：基于https://github.com/NCI-GDC/gdc-client/commit/75237be04b827e8293c***d37520200e55b06%E7%BC%96%E8%AF%91%E7%9A%84%E4%BA%8C%E8%BF%9B%E5%88%B6%E6%96%87%E4%BB%B6%E3%80%82

资源链接

• 源码仓库：https://github.com/sbamin/gdc-client
• Docker镜像地址：https://hub.docker.com/r/sbamin/gdc-client
• 发布说明：https://github.com/sbamin/gdc-client/releases

部署示例

Docker Run命令

bash
docker run --rm -v /本地数据目录:/容器数据目录 -u $(id -u):$(id -g) sbamin/gdc-client:latest gdc-client [具体命令]

说明：

• -v参数映射本地目录到容器，用于数据持久化；
• -u参数指定容器运行的用户ID和组ID，确保文件权限与主机一致；
• 替换[具体命令]为gdc-client的实际操作（如download等）。

Docker Compose示例（docker-compose.yml）

yaml
version: "3"
services:
  gdc-client:
    image: sbamin/gdc-client:latest
    user: "${UID}:${GID}"
    volumes:
      - ./data:/app/data
    command: gdc-client download --help

使用前需执行：

bash
export UID=$(id -u)
export GID=$(id -g)
docker-compose up