mgibio/sambamba-cwl

Sambamba CWL工作流镜像

镜像概述

本Docker镜像包含Sambamba工具，专门设计用于CWL（Common Workflow Language）工作流环境。Sambamba是一款高效的BAM文件处理工具，提供快速的排序、索引、统计和过滤等功能，适用于生物信息学数据分析流程。

核心功能与特性

• 集成Sambamba工具：包含完整的Sambamba功能集，支持BAM文件的多种操作
• CWL工作流兼容：优化用于CWL工作流环境，可直接作为流程步骤集成
• 高效性能：基于Sambamba的多线程处理能力，提供快速的BAM文件处理
• 轻量级设计：最小化镜像体积，适合在各类计算环境中部署

使用场景

• 生物信息学数据分析流程中BAM文件的排序、索引和过滤
• 高通量测序数据处理的CWL工作流步骤
• 需要高效BAM文件操作的自动化分析 pipeline

使用方法

基本使用（Docker命令）

bash
# 查看Sambamba版本
docker run --rm docker.xuanyuan.run/sambamba-cwl sambamba --version

# 运行Sambamba命令示例（排序BAM文件）
docker run --rm -v /path/to/input:/input -v /path/to/output:/output docker.xuanyuan.run/sambamba-cwl sambamba sort -o /output/sorted.bam /input/input.bam

在CWL工作流中使用

以下是在CWL工作流中集成该镜像的示例步骤：

yaml
steps:
  sort_bam:
    run: sambamba_sort.cwl
    in:
      input_bam: input.bam
    out: [sorted_bam]

# sambamba_sort.cwl示例
cwlVersion: v1.0
class: CommandLineTool
baseCommand: sambamba sort
inputs:
  input_bam:
    type: File
    inputBinding:
      position: 1
outputs:
  sorted_bam:
    type: File
    outputBinding:
      glob: "sorted.bam"
requirements:
  DockerRequirement:
    dockerPull: sambamba-cwl

常用Sambamba命令

• 排序BAM文件：sambamba sort -o output.bam input.bam
• 索引BAM文件：sambamba index input.bam
• 统计BAM文件信息：sambamba flagstat input.bam
• 过滤BAM文件：sambamba view -f bam -o filtered.bam input.bam "chr1:1000-2000"

注意事项

• 确保输入输出目录正确挂载到容器中（使用-v参数）
• 根据需求调整Sambamba命令参数，如线程数（-t选项）
• 在CWL工作流中使用时，需正确定义输入输出文件的路径和格式