nanozoo/spades

SPAdes基因组组装工具Docker镜像

镜像概述

本镜像包含SPAdes（St. Petersburg genome assembler）基因组组装工具，由Martin维护。SPAdes是一款广泛用于基因组序列组装的开源软件，特别适用于复杂基因组数据。镜像基于GNU General Public License, Version 2许可证发布，源码来源于https://github.com/ablab/spades%E3%80%82

核心功能与特性

• 多数据类型支持：兼容单端、双端、Mate-pair、PacBio、Oxford Nanopore等多种测序数据
• 复杂基因组优化：专为单胞菌、宏基因组等低复杂度到中等复杂度基因组设计
• 高效组装算法：集成多种组装模块（如SPAdes、MetaSPAdes、PlasmidSPAdes等），适应不同数据特点
• 开源免费：遵循GNU GPLv2许可证，可自由使用和修改

使用场景与适用范围

• 微生物基因组（细菌、古菌）从头组装
• 宏基因组样本的群落基因组组装
• 低复杂度真核生物（如酵母）基因组分析
• 测序数据分析流程中的基因组组装环节

使用方法与配置说明

基本使用（Docker Run）

通过挂载本地数据目录执行组装任务：

bash
docker run -v /path/to/local/data:/data -w /data martin/spades spades.py --pe1-1 input_1.fastq --pe1-2 input_2.fastq -o output_assembly

参数说明：

• -v /path/to/local/data:/data：将本地数据目录挂载到容器内/data目录
• -w /data：设置工作目录为/data
• --pe1-1：双端测序数据的R1文件
• --pe1-2：双端测序数据的R2文件
• -o：指定输出目录（将在挂载的本地目录中生成）

Docker Compose配置示例

yaml
version: '3'
services:
  spades_assembly:
    image: martin/spades
    volumes:
      - /local/input_data:/data/input
      - /local/output_results:/data/output
    command: spades.py --pe1-1 /data/input/sample_1.fastq --pe1-2 /data/input/sample_2.fastq -o /data/output/assembly_result

高级参数

SPAdes支持多种高级参数，具体可参考https://github.com/ablab/spades%EF%BC%8C%E5%B8%B8%E7%94%A8%E5%8F%82%E6%95%B0%E5%8C%85%E6%8B%AC%EF%BC%9A

• --meta：启用宏基因组组装模式
• --plasmid：启用质粒组装模式
• --nanopore：指定Nanopore长读长数据
• --pacbio：指定PacBio长读长数据

许可证信息

本镜像基于GNU General Public License, Version 2授权，详情参见GPLv2官方文档。

更多资源

• 官方GitHub仓库：https://github.com/ablab/spades
• Dockerwiki文档：version_control.md