staphb/spades

SPAdes Docker镜像

镜像概述和主要用途

SPAdes（St. Petersburg genome Assembler）是一款基于de Bruijn图（DBG）算法的从头基因组组装工具，主要用于细菌、古菌、病毒等小型基因组的组装。该Docker镜像由StaPH-B（State Public Health Lab Bioinformatics）联盟提供，包含多个稳定版本，便于用户快速部署和开展基因组组装分析，尤其适合科研和公共卫生实验室使用。

核心功能和特性

• 从头组装能力：采用de Bruijn图算法，高效处理小型基因组的从头组装任务
• 多测序平台兼容：支持Illumina、Ion Torrent、PacBio、Oxford Nanopore等多种测序数据类型
• 版本多样性：提供3.8.2、3.12.0、3.13.0、3.14.0、3.14.1、3.15.0、3.15.1、3.15.2等多个版本，满足不同场景需求
• 内置优化功能：包含序列错误校正、重复区域处理等模块，提升组装准确性和连续性

使用场景和适用范围

• 微生物基因组研究：细菌、古菌、病毒等小型基因组的从头组装
• 公共卫生实验室：StaPH-B联盟成员及其他公共卫生机构的病原体基因组分析
• 多平台测序数据处理：整合不同测序技术产生的数据，生成高质量基因组草图

详细使用方法和配置说明

前提条件

• 已安装Docker引擎
• 基本Docker命令操作能力

获取镜像

从Docker Hub拉取指定版本的SPAdes镜像（以3.15.2为例）：

bash
docker pull staphb/spades:3.15.2

未指定版本时默认拉取最新版本。

基本使用示例

查看SPAdes帮助信息：

bash
docker run --rm staphb/spades:3.15.2 spades.py --help

基因组组装示例（Illumina双端数据）

1. 将本地数据目录挂载到容器（假设本地数据位于/path/to/data，包含reads_1.fastq.gz和reads_2.fastq.gz）：

bash
docker run --rm -v /path/to/data:/data staphb/spades:3.15.2 spades.py \
  -1 /data/reads_1.fastq.gz \
  -2 /data/reads_2.fastq.gz \
  -o /data/spades_output

2. 组装结果将保存在本地/path/to/data/spades_output目录，主要产物包括contigs.fasta（组装 contigs）和scaffolds.fasta（组装 scaffolds）。

支持的输入数据类型

• Illumina双端数据：通过-1（R1 reads）和-2（R2 reads）参数指定
• Ion Torrent数据：使用--iontorrent参数指定输入文件
• PacBio长读长数据：通过--pacbio参数指定
• Oxford Nanopore数据：使用--nanopore参数指定

Singularity兼容性

该镜像与Singularity兼容，适合无Docker权限的环境。转换方法参考https://staph-b.github.io/docker-builds/%EF%BC%8C%E5%9F%BA%E6%9C%AC%E6%AD%A5%E9%AA%A4%EF%BC%9A

bash
# 转换为Singularity镜像
singularity pull docker://staphb/spades:3.15.2

# 运行Singularity容器
singularity exec spades_3.15.2.sif spades.py --help

可用版本

参考链接

• SPAdes官方GitHub：https://github.com/ablab/spades
• SPAdes官网：[***]
• Docker Hub镜像地址：https://hub.docker.com/r/staphb/spades
• StaPH-B Docker用户指南：https://staph-b.github.io/docker-builds/