openeuler/eman
openeuler
EMAN2科学图像处理套件的Docker镜像，基于openEuler构建，主要用于透射电子显微镜数据处理，支持单颗粒重建、冷冻电镜tomography等功能，可高效处理大型数据集（>100,000颗粒）。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：openeuler仓库类型：镜像最近更新：11 个月前
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eman Docker镜像文档
快速参考
- 官方eman容器镜像
- 维护者：https://gitee.com/openeuler/cloudnative
- 帮助渠道：https://gitee.com/openeuler/cloudnative%E3%80%81https://gitee.com/openeuler/community
eman | openEuler
当前eman Docker镜像基于https://repo.openeuler.org/%E6%9E%84%E5%BB%BA%EF%BC%8C%E8%AF%A5%E4%BB%93%E5%BA%93%E5%8F%AF%E5%85%8D%E8%B4%B9%E4%BD%BF%E7%94%A8%E4%B8%94%E6%97%A0%E7%94%A8%E6%88%B7%E9%80%9F%E7%8E%87%E9%99%90%E5%88%B6%E3%80%82
EMAN2是一套广泛使用的科学图像处理套件（主要针对灰度图像），主要用于处理透射电子显微镜数据。其最初目的是实现单颗粒重建（从二维冷冻电镜图像生成三维体积模型）并达到最高分辨率，目前已扩展支持单颗粒冷冻电镜断层扫描（cryo-ET），以及螺旋重建、二维晶体学、全细胞断层扫描等其他亚学科的工具。EMAN2能够高效处理大型数据集（>100,000颗粒）。
更多信息请访问EMAN2官网。
支持的标签及对应Dockerfile链接
每个eman容器镜像的标签由eman版本和基础镜像版本组成，详情如下：
| 标签 | 当前版本 | 架构 |
|---|---|---|
| https://gitee.com/openeuler/openeuler-docker-images/blob/master/HPC/eman/2.99.69/24.03-lts-sp1/Dockerfile | EMAN2 2.99.69 基于 openEuler 24.03-LTS-SP1 | amd64, arm64 |
| https://gitee.com/openeuler/openeuler-docker-images/blob/master/HPC/eman/2.99.70/24.03-lts-sp2/Dockerfile | EMAN2 2.99.70 基于 openEuler 24.03-LTS-SP2 | amd64, arm64 |
使用方法
拉取镜像
从hub.docker.com拉取openeuler/eman镜像：
bashdocker pull docker.xuanyuan.run/openeuler/eman:{Tag}
注意：将
{Tag}替换为实际标签，如2.99.70-oe2403sp2
启动eman2实例
启动一个eman2容器实例：
bashdocker run -it --name my-eman docker.xuanyuan.run/openeuler/eman:{Tag}
激活eman2环境
使用EMAN2前需先激活环境：
bashconda activate eman2
测试运行
执行e2speedtest.py进行功能测试：
bash/usr/local/miniconda/envs/eman2/bin/e2speedtest.py
测试结果示例：
This could take a few minutes. Please be patient. Initializing .................... .................... .................... .................... .................... .................... .................... .................... Your machines speed factor = 2.6758 +- 0.0200 (0.0086 +- 0.00006 sec)
问题与反馈
如有任何问题或需要使用特定功能，请在https://gitee.com/openeuler/openeuler-docker-images%E6%8F%90%E4%BA%A4issue%E6%88%96pull request。
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
DockerHub 原生拉取命令
docker pull openeuler/eman:<标签>
镜像拉取常见问题
功能
错误码
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oldzhang
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