openeuler/hh-suite
openeuler
这是openEuler社区维护的HH-suite3官方Docker镜像，提供基于隐马尔可夫模型的敏感蛋白质序列搜索功能，支持高效同源检测、结构预测等生物信息学分析。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：openeuler仓库类型：镜像最近更新：21 天前
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镜像概述
这是HH-suite的官方Docker镜像，由openEuler CloudNative SIG维护。若需帮助，可联系openEuler CloudNative SIG或openEuler社区。
核心功能
HH-suite3是基于隐马尔可夫模型（HMM） pairwise对齐的开源蛋白质序列搜索软件包，主要功能包括：
- HHblits：快速迭代HMM搜索，用于远程同源检测和深度蛋白质注释
- HHsearch：敏感的HMM-HMM对齐，用于profile-profile比较
- HHPred：通过profile-profile搜索实现蛋白质结构和功能预测
- SIMD加速：x86_64架构支持SSE2/AVX2，ARM64架构支持NEON，提升序列对齐性能
- MPI并行计算支持（仅限自编译版本）
- 多格式输入支持：FASTA、A3M、HMM、HHM profile
- 广泛的数据库集成：Uniclust30、BFD、Pfam、SCOP、PDB70等
使用场景
适用于生物信息学领域的蛋白质序列分析任务，如：
- 远程同源蛋白质检测
- 蛋白质结构与功能预测
- 大规模蛋白质序列比对分析
配置说明
支持的标签及对应Dockerfile链接
镜像标签由HH-suite版本和基础镜像版本组成，详情如下：
| 标签 | 内容 | 架构 |
|---|---|---|
| 3.3.0-oe2403sp3 | 基于openEuler 24.03-LTS-SP3的HH-suite 3.3.0 | amd64、arm64 |
Docker部署示例
- 确保已安装Docker（Windows用户需使用Linux容器模式）
- 拉取镜像：
docker pull openeuler/hh-suite:{Tag} - 运行容器进入HH-suite环境：
docker run -it openeuler/hh-suite:{Tag} - 验证安装：
hhblits -h && hhsearch -h
问答
若有问题或需使用特殊功能，请在openeuler-docker-images提交issue或pull request。
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 hh-suite 镜像标签
docker pull docker.xuanyuan.run/openeuler/hh-suite:<标签>
DockerHub 原生拉取命令
docker pull openeuler/hh-suite:<标签>
镜像拉取常见问题
功能
错误码
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oldzhang
运维工程师
Linux服务器
5
"Docker访问体验非常流畅，大镜像也能快速完成下载。"