openeuler/jellyfish
openeuler
基于openEuler的Jellyfish官方Docker镜像，用于快速、内存高效地计数DNA序列中的k-mer，支持多线程并行处理，适用于生物信息学分析场景。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：openeuler仓库类型：镜像最近更新：1 个月前
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openeuler/jellyfish Docker镜像
镜像概述
这是openEuler CloudNative SIG维护的Jellyfish官方Docker镜像。Jellyfish是一款用于DNA序列k-mer计数的工具，通过高效的哈希表编码和CPU指令优化，实现比其他工具快一个数量级且内存占用更低的k-mer计数，是生物信息学分析中的核心工具之一。
核心功能
- 快速且内存高效的k-mer计数，性能远超同类工具；
- 采用无锁的compare-and-swap操作实现多线程并行计数；
- 支持FASTA和多FASTA输入格式；
- 提供k-mer计数查询和导出命令；
- 支持Ruby、Python、Perl语言绑定，便于程序调用。
使用场景
适用于生物信息学领域的多种场景，如基因组组装、序列变异检测、基因表达分析等需要对DNA序列中k-mer频率进行统计的任务。
配置说明
- 确保已安装Docker环境； 2.\t拉取镜像：
bashdocker pull openeuler/jellyfish:2.3.1-oe2403sp3
3.\t运行容器：
bashdocker run -it openeuler/jellyfish:2.3.1-oe2403sp3
4.\t验证安装：
bashjellyfish --version
支持的标签及Dockerfile链接
| 标签 | 内容 | 架构 |
|---|---|---|
| 2.3.1-oe2403sp3 | Jellyfish 2.3.1基于openEuler 24.03-LTS-SP3 | amd64、arm64 |
帮助与反馈
如有问题或特殊功能需求，请在openeuler-docker-images提交issue或pull request。
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 jellyfish 镜像标签
docker pull docker.xuanyuan.run/openeuler/jellyfish:<标签>
DockerHub 原生拉取命令
docker pull openeuler/jellyfish:<标签>
镜像拉取常见问题
功能
错误码
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oldzhang
运维工程师
Linux服务器
5
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