openeuler/pysam

快速参考

• 官方pysam Docker镜像。
• 维护方：openEuler CloudNative SIG。
• 帮助获取：openEuler CloudNative SIG、openEuler社区。

pysam | openEuler

Pysam是一个用于读取、操作和写入基因组数据集的Python模块。

它是https://www.htslib.org/ C-API的封装，提供读取和写入SAM/BAM/VCF/BCF/BED/GFF/GTF/FASTA/FASTQ文件的能力，同时支持https://www.htslib.org/doc/1.23/samtools.html和https://www.htslib.org/doc/1.23/bcftools.html的命令行功能。该模块支持压缩和通过索引进行随机访问。

此模块通过cython提供htslib C-API的低级别封装，以及高层级的Pythonic API，方便访问基因组文件格式中的数据。当前版本封装了htslib-1.23.1、samtools-1.23.1和bcftools-1.23.1。

了解更多：https://pysam.readthedocs.io/en/v0.24.0/。

支持的标签及对应Dockerfile链接

每个pysam镜像的标签由pysam版本和基础镜像版本组成，详情如下：

使用方法

从Docker Hub拉取pysam镜像：

docker pull docker.xuanyuan.run/openeuler/pysam:{Tag}

以交互式shell运行pysam容器：

docker run -it --rm docker.xuanyuan.run/openeuler/pysam:{Tag} bash

检查已安装的pysam版本：

docker run -it --rm docker.xuanyuan.run/openeuler/pysam:{Tag} python3 -c "import pysam; print(pysam.__version__)"

读取SAM/BAM文件的最小示例：

python
import pysam

samfile = pysam.AlignmentFile("example.bam", "rb")
for read in samfile.fetch():
    print(read.query_name)
samfile.close()

从挂载目录运行脚本：

docker run -it --rm -v $(pwd):/data -w /data docker.xuanyuan.run/openeuler/pysam:{Tag} python3 test_pysam.py

查看运行中pysam容器的日志：

docker logs <container-name>

在运行中的pysam容器内执行命令：

docker exec -it <container-name> bash

问题与反馈

如有任何问题或需要特殊功能，请在openeuler-docker-images提交issue或pull request。