pegi3s/seqkit

SeqKit Docker镜像说明

本镜像属于Bioinformatics Docker Images Project（http://pegi3s.github.io/dockerfiles），原软件许可证仍适用。

镜像概述

SeqKit是一款跨平台、超快速的FASTA/Q文件处理工具集，本镜像提供了该工具的容器化版本，方便用户在不同环境中快速部署和使用。

核心功能

SeqKit包含以下主要功能模块：

• 序列与子序列处理：seq、subseq、sliding、stats、faidx等
• 格式转换：fq2fa、fx2tab/tab2fx、convert、translate等
• 搜索功能：grep、locate、fish、amplicon等
• BAM处理与监控：bam
• 集合操作：head、range、sample、rmdup、split等
• 编辑功能：replace、rename、concat、mutate等
• 排序功能：shuffle、sort
• 其他工具：genautocomplete（生成自动补全脚本）

使用场景

适用于生物信息学研究中FASTA/Q格式序列数据的日常处理，如：

1. 提取特定区域的序列片段
2. 转换序列格式（如FASTQ转FASTA）
3. 搜索含特定模式的序列
4. 统计序列数据的基本信息
5. 去重或合并序列文件

配置说明

获取工具帮助

运行以下命令查看具体工具的帮助文档：

bash
docker run --rm docker.xuanyuan.run/pegi3s/seqkit <工具名称> --help
# 示例：查看subseq工具帮助
docker run --rm docker.xuanyuan.run/pegi3s/seqkit subseq --help

Linux环境下运行

将本地数据目录挂载到容器的/data目录，执行工具命令：

bash
docker run --rm -v /本地数据目录:/data docker.xuanyuan.run/pegi3s/seqkit <工具名称> <参数选项>
# 示例：用subseq工具从/data/input.fasta中提取1-100位的序列，输出到/data/output.fasta
docker run --rm -v /home/user/seq_data:/data docker.xuanyuan.run/pegi3s/seqkit subseq -r 1:100 /data/input.fasta > /data/output.fasta

注意：所有输入/输出文件路径需以容器内的/data为根目录。