phytooracle/rnaseq_spectral_plsr
phytooracle
该镜像提供RNA-Seq与高光谱数据的PLSR分析工具，支持数据集分割、变量选择及模型训练，用于基因表达与光谱特征关联研究。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：phytooracle仓库类型：镜像最近更新：2 年前
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RNA-Seq与高光谱PLSR分析工具
镜像概述
本镜像提供RNA-Seq与高光谱数据的PLSR（偏最小二乘回归）分析脚本，用于关联基因表达数据与光谱特征，支持数据集分割、变量选择及模型训练等核心功能。
核心功能
- 将RNA-Seq与高光谱组合数据按转录本分割为训练集和测试集；
- 通过变量选择找到最小均方误差（MSE）；
- 以基因表达为响应变量、选定波段的光谱数据为解释变量进行模型训练与校准；
- 输出图表、CSV结果、模型文件及置换检验数组。
使用场景
适用于植物科学领域中，研究基因表达与高光谱特征关联的数据分析任务，如作物表型与基因表达的关联研究。
配置说明
参数列表
-c, --transcript_csv: 单个转录本包含所有光谱数据的CSV文件（必填）；-pod, --plot_out_dir: 图表输出目录；-cod, --csv_out_dir: CSV结果输出目录（含校准、测试及置换得分）；-o, --outdir: 主输出目录；-m, --model_out_dir: PLSR模型sav文件输出目录；-p, --permutation_out_dir: 置换检验numpy数组输出目录；-t, --test_size: 训练/测试集分割比例（默认值为0.25）。
运行示例
至少需指定转录本CSV文件：
bash./rnaseq_spectral_plsr.py -c ./rnaseq_spectra/Gh_A01G026200_tpm_spectra.csv
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 rnaseq_spectral_plsr 镜像标签
docker pull docker.xuanyuan.run/phytooracle/rnaseq_spectral_plsr:<标签>
DockerHub 原生拉取命令
docker pull phytooracle/rnaseq_spectral_plsr:<标签>
镜像拉取常见问题
功能
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Linux服务器
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