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rocker

基于Rocker版本化镜像的R地理空间工具包,扩展rocker-versioned栈,集成RStudio、tidyverse及多种地理空间R包,解决编译依赖和安装耗时问题,提供版本化标签支持。

1 次收藏下载次数: 0状态:社区镜像维护者:rocker仓库类型:镜像最近更新:6 年前
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rocker/geospatial

![DOI]([***]

镜像概述

rocker/geospatial是一个基于Docker的R地理空间工具包,构建于版本化的Rocker镜像之上。该镜像扩展了https://github.com/rocker-org/rocker-versioned%EF%BC%8C%E9%9B%86%E6%88%90%E4%BA%86%E5%9C%B0%E7%90%86%E7%A9%BA%E9%97%B4%E7%9B%B8%E5%85%B3%E5%B7%A5%E5%85%B7%EF%BC%8C%E7%89%B9%E5%88%AB%E6%98%AF%E9%82%A3%E4%BA%9B%E9%9A%BE%E4%BB%A5%E6%88%96%E8%80%97%E6%97%B6%E5%AE%89%E8%A3%85%E7%9A%84%E5%B7%A5%E5%85%B7%E3%80%82%E9%95%9C%E5%83%8F%E5%8C%85%E5%90%ABRStudio%E3%80%81tidyverse%E5%8C%85%E4%BB%A5%E5%8F%8Averse%E5%BA%93%EF%BC%88%E5%B0%A4%E5%85%B6%E6%98%AFLaTeX%E5%92%8CJAVA%E7%8E%AF%E5%A2%83%EF%BC%89%E3%80%82%E4%B8%8E%E5%85%B6%E4%BB%96rocker-versioned%E6%A0%88%E9%95%9C%E5%83%8F%E4%B8%80%E6%A0%B7%EF%BC%8C%E6%8F%90%E4%BE%9B%E7%89%B9%E5%AE%9A%E7%9A%84%E8%BF%91%E6%9C%9F%E7%89%88%E6%9C%AC%E6%A0%87%E7%AD%BE%EF%BC%8C%E5%8C%85%E6%8B%AC%60latest%60%E5%92%8C%60devel%60%E6%A0%87%E7%AD%BE%E3%80%82%E6%97%A9%E4%BA%8E%E6%9C%80%E6%96%B0%E7%89%88%E6%9C%AC%E7%9A%84%E9%95%9C%E5%83%8F%E5%B0%86%E4%BB%8EMRAN%E5%BF%AB%E7%85%A7%E5%AE%89%E8%A3%85R%E5%8C%85%EF%BC%8C%E5%8F%AF%E8%83%BD%E6%97%A0%E6%B3%95%E6%8F%90%E4%BE%9B%E4%B8%8E%E6%9C%80%E6%96%B0%E7%89%88%E6%9C%AC%E7%9B%B8%E5%90%8C%E7%9A%84%E6%89%80%E6%9C%89%E5%8C%85%E3%80%82

核心功能和特性

  • 扩展rocker-versioned栈:基于rocker-versioned镜像构建,继承其版本化管理和稳定性
  • 集成地理空间工具:包含多种地理空间R包,优先选择因编译代码和外部依赖而安装缓慢或复杂的包
  • 完整开发环境:内置RStudio、tidyverse包及verse库(LaTeX、JAVA等),满足数据分析和文档编写需求
  • 版本化支持:提供latest、devel等标签,支持不同R版本和包组合
  • 依赖管理:包含众多地理空间包的依赖,减少额外安装工作

使用场景和适用范围

  • 地理空间数据分析:适用于需要处理空间数据、进行空间统计和建模的R用户
  • 学术研究:支持撰写包含地理空间分析结果的学术论文(得益于LaTeX环境)
  • 教学和培训:提供一致的地理空间R开发环境,便于教学和培训使用
  • 快速原型开发:无需手动配置复杂的地理空间依赖,快速启动分析工作

使用方法和配置说明

基本使用

通过以下命令启动rocker/geospatial容器,访问RStudio:

bash
docker run -d -p 8787:8787 -e PASSWORD=yourpassword rocker/geospatial

启动后,在浏览器中访问http://localhost:8787,使用用户名rstudio和设置的密码yourpassword登录RStudio。

指定版本

可通过标签指定特定版本,例如:

bash
# 使用最新版本
docker run -d -p 8787:8787 -e PASSWORD=yourpassword rocker/geospatial:latest

# 使用开发版本
docker run -d -p 8787:8787 -e PASSWORD=yourpassword rocker/geospatial:devel

环境变量配置

常用环境变量:

  • PASSWORD:设置RStudio登录密码(必填)
  • USER:自定义用户名(默认:rstudio)
  • ROOT:设置为TRUE允许root访问(默认:FALSE)
  • TZ:设置时区(例如:Asia/Shanghai)

示例:

bash
docker run -d -p 8787:8787 \
  -e PASSWORD=yourpassword \
  -e USER=myuser \
  -e ROOT=TRUE \
  -e TZ=Asia/Shanghai \
  rocker/geospatial

数据持久化

通过挂载本地目录实现数据持久化:

bash
docker run -d -p 8787:8787 \
  -e PASSWORD=yourpassword \
  -v /path/to/local/data:/home/rstudio/data \
  rocker/geospatial

包含的R包

该镜像并非包含所有地理空间相关R包(详见CRAN上的空间任务视图和时空任务视图),而是提供一组更具倾向性的包集合,优先选择因编译代码和外部依赖而安装缓慢或复杂的包,并强调通用库和类。

注意:许多额外的地理空间(及其他)包作为依赖项被包含在内,因此也可在镜像中找到。如有需要添加的包,可通过https://github.com/rocker-org/geospatial/issues%E6%8F%90%E5%87%BA%E8%AF%B7%E6%B1%82%E3%80%82

包名维护者描述
RColorBrewer用于地图和其他绘图的颜色
RandomFieldsSchlather高斯随机场的推断和模拟方法,以及极值随机场的模拟
RNetCDFWoodsNetCDF库C API的绑定,包含udunits
classIntBivand用于选择单变量分类间隔的常用方法,用于映射或其他图形目的
deldirTurner德劳内三角剖分和狄利克雷(沃罗诺伊)镶嵌
gstatPebesma空间和时空地统计建模、预测与模拟
hdf5rHoeflingHF5 C API的现代绑定(替代hf包)
lidRRoussel机载激光雷达(LiDAR)数据操作和可视化接口,支持读写'las'和'laz'文件
mapdataDeckmynmaps包的额外地图数据(最初来自S)
maptoolsBivand用于操作和读取地理数据的工具集,特别是ESRI Shapefiles(详见rgdal和sf获取更全面的I/O)
mapviewAppelhans与sf兼容的交互式地图查看器,扩展leaflet
ncdf4Pierce与raster包兼容的netcdf绑定
proj4Urbanek经纬度投影和基准转换的简单接口(另见sf实现)
rasterHijmans栅格空间数据的读取、写入、操作、分析和建模
rgdalBivandGDAL接口,I/O格式(详见sf获取更新的实现)
rgeosBivandGEOS接口(几何操作)(详见sf获取更新的实现)
sfPebesma面向简单要素的sp、rgdal、rgeos和proj4库的替代,包含dplyr风格方法
spPebesma原始且广泛使用的空间对象类
spacetimePebesma时空数据的类和方法
spatstatBaddeley大型空间统计包:空间点模式分析、模型拟合、模拟、测试
spdepBivand空间依赖性:权重方案、统计和模型
tmapTennekes基于图层的专题地图(与sf和sp兼容)
geoRRibeiro地统计分析,包括传统、似然和贝叶斯方法
geosphereHijmans地理应用的球面三角学,计算角度(经纬度)位置的距离和相关度量

镜像拉取方式

您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本,请访问 标签列表页面。

轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 gdal 镜像标签

docker pull docker.xuanyuan.run/rocker/gdal:<标签>

使用方法:

  • 登录认证方式
  • 免认证方式

DockerHub 原生拉取命令

docker pull rocker/gdal:<标签>

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