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sagebionetworks

自动构建

synapser是Synapse协作工作区的R语言接口，支持可重复疾病研究，提供数据/代码/文本集成展示、细粒度访问控制及溯源追踪功能。

下载次数: 0状态：自动构建维护者：sagebionetworks仓库类型：镜像最近更新：8 天前

让 AI 帮你使用轩辕镜像？ · 展开查看说明

如果你使用 DeepSeek、元宝 AI、Copilot、ChatGPT 等 AI 工具，协助配置轩辕镜像、编写 docker pull 命令、修改 Docker Compose 镜像地址、配置镜像加速、排查镜像拉取失败、分析报错日志等问题，请先让 AI 阅读并遵守轩辕镜像的规则文档。

只需在 AI 对话中先发送下面这段话即可：

请先阅读并遵守：https://xuanyuan.cloud/agents.md

未读文档前不要生成 pull 命令或排错方案。

查看 agents.md 用法指南与完整示范。国内用户首推元宝 AI、DeepSeek 的深度思考模式，不推荐豆包 AI；Cursor 等编辑器可在对话 @ 该链接，或加入 User Rules。若 AI 无法访问外链，可打开说明文档复制全文粘贴。文档会随站点更新，复制内容可能过期，建议定期检查。

镜像标签列表与下载命令

synapser镜像说明

镜像概述

synapser镜像提供Synapse平台的R语言客户端环境，Synapse是用于可重复数据密集型研究的协作工作区。该镜像帮助R用户与Synapse平台交互，开展协作式疾病研究项目。

核心功能

集成展示研究数据、代码和文本内容
细粒度访问权限控制
研究数据的全链路溯源追踪
支持多线程数据上传/下载与文件缓存（基于Python客户端复用能力）

使用场景

科研团队协作管理疾病研究项目
通过R语言分析Synapse平台共享数据
构建可复现的数据分析工作流
统一管理研究项目的代码、数据与文档版本

配置说明

依赖要求

R版本：4.1.3及以上（测试至4.5.2）
Python版本：3.9-3.11（3.12+暂不支持）
需注册Synapse账号（注册链接）

镜像使用示例

启动容器

bash
docker run -it docker.xuanyuan.run/sagebionetworks/synapser R

登录Synapse平台

进入R环境后执行：

r
library(synapser)
synLogin() # 输入Synapse账号密码

版本更新

容器内预装synapser包，更新至最新版本：

r
if (!require("remotes", quietly = TRUE)) install.packages("remotes")
remotes::install_cran("synapser", repos = c("http://ran.synapse.org", "https://cloud.r-project.org"))

注意事项

建议使用Python 3.10以获得最佳兼容性
若遇依赖冲突（如rjson版本问题），参考官方troubleshooting文档解决
预发布版本验证：remotes::install_cran("synapser", repos = c("http://staging-ran.synapse.org"))

镜像拉取方式

您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问标签列表页面。

轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 synapser 镜像标签

docker pull docker.xuanyuan.run/sagebionetworks/synapser:<标签>

使用方法：

DockerHub 原生拉取命令

docker pull sagebionetworks/synapser:<标签>

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去掉域名前缀

docker tag · 重命名

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