sangerpathogens/rnaseq

sangerpathogens

这是Wellcome Sanger研究所病原体与微生物研究组开发的RNA测序分析pipeline，支持Standard、dUTP、Croucher三种协议，用于计算RNA-seq表达量（映射读数和RPKM值）。

下载次数: 0状态：社区镜像维护者：sangerpathogens仓库类型：镜像最近更新：6 年前

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镜像标签列表与下载命令

rnaseq

这是Wellcome Sanger研究所病原体与微生物研究组开发的RNA测序分析 pipeline。

https://travis-ci.org/sanger-pathogens/rnaseq.svg?branch=master](https://travis-ci.org/sanger-pathogens/rnaseq)
https://img.shields.io/badge/License-GPL%20v3-brightgreen.svg](https://github.com/sanger-pathogens/rnaseq/blob/master/LICENSE)
https://img.shields.io/docker/cloud/build/sangerpathogens/rnaseq.svg](https://hub.docker.com/r/sangerpathogens/rnaseq)
https://img.shields.io/docker/pulls/sangerpathogens/rnaseq.svg](https://hub.docker.com/r/sangerpathogens/rnaseq)
https://codecov.io/gh/sanger-pathogens/rnaseq/branch/master/graph/badge.svg](https://codecov.io/gh/sanger-pathogens/rnaseq)

简介

RNA-Seq表达分析：根据所选协议计算RNA-seq表达量（映射读数和RPKM值），支持的协议包括：

Standard
dUTP
Croucher 有关该 pipeline的更多信息，请参见Pathogen Informatics RNA-Seq Expression Pipeline。

安装

Pip安装

安装最新版本：

pip install git+https://github.com/sanger-pathogens/rnaseq.git

安装特定版本：

pip install git+https://github.com/sanger-pathogens/rnaseq.git@<TAG>

示例：

pip install git+https://github.com/sanger-pathogens/rnaseq.git@v0.0.1

安装完成后，可直接运行：

rnaseq.py -h

Docker安装

拉取最新镜像：

docker pull sangerpathogens/rnaseq:latest

在容器中运行：

docker run --rm -it -v /home:/home sangerpathogens/rnaseq:latest rnaseq.py -h

拉取并运行特定版本，将latest替换为版本号即可。示例：

docker pull sangerpathogens/rnaseq:0.0.1
docker run --rm -it -v /home:/home sangerpathogens/rnaseq:0.0.1 rnaseq.py -h

使用方法

请运行rnaseq.py -h获取帮助信息。

许可证

rnaseq是自由软件，遵循https://github.com/sanger-pathogens/rnaseq/blob/master/LICENSE%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E8%AF%81%E3%80%82

反馈/问题

请将任何问题报告至https://github.com/sanger-pathogens/rnaseq/issues%E6%88%96%E5%8F%91%E9%80%81%E9%82%AE%E4%BB%B6%E8%87%B3***%E3%80%82

镜像拉取方式

您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问标签列表页面。

轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 rnaseq 镜像标签

docker pull docker.xuanyuan.run/sangerpathogens/rnaseq:<标签>

使用方法：

DockerHub 原生拉取命令

docker pull sangerpathogens/rnaseq:<标签>

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