shinejh0528/bismark
shinejh0528
预装了bismark v0.24.1、bowtie2 2.3.5.1和samtools 1.18的Docker镜像，用于表观遗传学数据分析中的甲基化分析、测序数据比对及处理。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：shinejh0528仓库类型：镜像最近更新：1 个月前
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镜像概述
本Docker镜像预装了bismark、bowtie2和samtools三款生物信息学工具，旨在为表观遗传学研究提供便捷的数据分析环境。镜像中各工具版本明确，可直接用于甲基化分析、测序数据比对及后续处理流程。
核心功能与特性
- 预装工具及版本：
- bismark v0.24.1：用于全基因组Bisulfite测序数据分析的甲基化检测工具
- bowtie2 2.3.5.1：高效的短序列比对工具，支持多种测序数据比对
- samtools 1.18：用于处理SAM/BAM格式测序数据的工具集，支持格式转换、排序、索引等操作
使用场景
适用于表观遗传学研究领域，包括但不限于：
- 全基因组Bisulfite测序（WGBS）数据分析
- 简化代表性Bisulfite测序（RRBS）数据处理
- 测序数据比对、格式转换及质量控制
使用方法
检查工具版本
可通过以下命令验证镜像中工具的安装情况及版本：
bashdocker run -it docker.xuanyuan.run/shinejh0528/bismark:1.0.0 bismark --version docker run -it docker.xuanyuan.run/shinejh0528/bismark:1.0.0 bowtie2 --version docker run -it docker.xuanyuan.run/shinejh0528/bismark:1.0.0 samtools --version
基本使用示例
数据挂载与分析
将本地数据目录挂载至容器中进行分析（以bismark为例）：
bashdocker run -it -v /本地数据目录:/data docker.xuanyuan.run/shinejh0528/bismark:1.0.0 bismark /data/参考基因组目录 -1 /data/reads_1.fq -2 /data/reads_2.fq
版本信息
1.0.0
- bismark v0.24.1
- bowtie2 2.3.5.1
- samtools 1.18
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 bismark 镜像标签
docker pull docker.xuanyuan.run/shinejh0528/bismark:<标签>
DockerHub 原生拉取命令
docker pull shinejh0528/bismark:<标签>
镜像拉取常见问题
功能
错误码
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oldzhang
运维工程师
Linux服务器
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