shinejh0528/plasmidfinder

plasmidfinder Docker镜像文档

镜像概述

plasmidfinder Docker镜像是基于丹麦技术大学（DTU）基因组流行病学中心开发的plasmidfinder工具构建的容器化版本，用于快速检测和分析序列中的质粒。该工具广泛应用于微生物基因组学研究，帮助识别与抗生素耐药性、毒力因子等相关的质粒。

官方网站：plasmidfinder (Center for Genomic Epidemiology)
数据库地址：https://bitbucket.org/genomicepidemiology/plasmidfinder_db/src/master/

核心功能与特性

• 版本信息：工具版本2.0.1，镜像版本1.0.1
• 兼容性：支持Singularity容器平台
• 输出格式：生成JSON格式的最终结果文件（data.json）
• 扩展性：支持扩展输出（--extented_output参数），提供更详细的分析结果

使用场景

• 微生物基因组中质粒的快速鉴定
• 抗生素耐药基因携带质粒的筛查
• 临床微生物样本的质粒分析
• 流行病学研究中的质粒分型与追踪

使用方法

前置要求

1. 本地需准备输入序列文件（如.fsa格式）
2. 需下载plasmidfinder数据库并挂载到容器中

Docker运行命令示例

bash
docker run -it \
  -v [本地工作目录]:/workdir \  # 挂载工作目录（包含输入文件）
  -v [本地数据库目录]:/database \  # 挂载数据库目录
  /usr/src/plasmidfinder.py \
  -i /workdir/test.fsa \  # 输入序列文件路径（容器内路径）
  -o /workdir/ \  # 输出目录（容器内路径，映射到本地工作目录）
  --tmp_dir /workdir/ \  # 临时文件目录
  --databasePath database/ \  # 数据库路径（容器内路径）
  --extented_output  # 启用扩展输出

参数说明

• -i：输入序列文件路径（容器内路径，需通过-v挂载本地文件）
• -o：输出目录路径（容器内路径，建议映射到本地工作目录以便获取结果）
• --tmp_dir：临时文件存放目录，建议使用工作目录避免权限问题
• --databasePath：数据库路径（容器内路径，对应挂载的本地数据库目录）
• --extented_output：可选参数，启用扩展输出模式，提供更详细的分析结果

输出说明

• 控制台输出：实时显示分析进度和中间结果
• 最终输出文件：在指定输出目录下生成data.json文件，包含质粒检测的详细结果，如质粒类型、匹配序列、覆盖率等信息

注意事项

• 确保本地数据库目录正确挂载，且数据库文件完整
• 输入序列文件需为FASTA格式（.fsa或其他支持格式）
• 工作目录和数据库目录需设置适当权限，避免容器内读写权限问题