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为StaPH-B（州公共卫生实验室生物信息学）联盟成员提供多种生物信息学工具的Docker镜像仓库，集中化管理镜像，提供清晰的构建与使用文档，支持用户贡献和问题反馈。
1 次收藏下载次数: 0状态：社区镜像维护者：staphb仓库类型：镜像最近更新：4 年前
让 AI 帮你使用轩辕镜像？ · 展开查看说明
如果你使用 DeepSeek、元宝 AI、Copilot、ChatGPT 等 AI 工具，协助配置轩辕镜像、编写 docker pull 命令、修改 Docker Compose 镜像地址、配置镜像加速、排查镜像拉取失败、分析报错日志等问题，请先让 AI 阅读并遵守轩辕镜像的规则文档。
只需在 AI 对话中先发送下面这句话即可：
请先完整阅读并严格遵守以下文档中的全部规则与要求：
https://xuanyuan.cloud/agents.md
在未充分阅读并理解该文档前，不要生成任何命令、配置、修改建议、故障排查方案或技术回答。后续所有输出都必须严格以该文档中的规范为最高优先级执行。查看 agents.md 用法指南与完整示范。国内用户首推 元宝 AI、DeepSeek 的深度思考模式，不推荐豆包 AI；Cursor 等编辑器可在对话 @ 该链接，或加入 User Rules。 若 AI 无法访问外链，可 打开说明文档 复制全文粘贴。文档会随站点更新，复制内容可能过期，建议定期检查。
docker-builds 镜像仓库
概述和主要用途
docker-builds仓库包含构建多种生物信息学工具Docker镜像所需的Dockerfile及相关文件，服务于StaPH-B（州公共卫生实验室生物信息学）联盟成员。该仓库旨在提供集中化的Docker镜像资源，方便用户访问，并提供清晰的容器构建和使用文档。
核心功能和特性
- 集中化管理：统一存放多种生物信息学工具的Docker镜像，便于查找和使用。
- 清晰文档：提供详细的容器构建过程和使用说明。
- 社区贡献：支持用户通过fork仓库、提交PR的方式贡献新镜像或改进现有镜像。
- 问题反馈：用户可提交issue反馈镜像使用问题。
- Singularity兼容性：大多数Docker容器可转换为Singularity格式，满足无法使用Docker的用户需求。
- 多版本支持：多数工具提供多个版本，适应不同使用需求。
使用场景和适用范围
适用于公共卫生实验室、生物信息学研究机构、学术实验室等需要使用生物信息学工具的场景，尤其适合StaPH-B联盟成员进行标准化分析流程部署。
使用方法和配置说明
获取镜像
所有镜像可从Docker Hub的staphb组织获取，地址：https://hub.docker.com/r/staphb/
基本使用示例
以ABRicate工具为例，拉取并运行镜像：
bash# 拉取最新版本 docker pull staphb/abricate:latest # 运行工具（查看帮助） docker run --rm staphb/abricate abricate --help
Singularity转换
参考用户指南中的说明，可将Docker镜像转换为Singularity格式：
bash# 从Docker Hub下载并转换为Singularity镜像 singularity pull docker://staphb/abricate:latest
贡献方法
- Fork仓库：https://github.com/StaPH-B/docker-builds
- 进行修改或添加新镜像
- 提交PR
- 详细贡献指南：https://staph-b.github.io/docker-builds/contribute/
可用Docker镜像列表
| 软件 | 版本 | 链接 |
|---|---|---|
| https://hub.docker.com/r/staphb/abricate/ |
| https://github.com/tseemann/abricate |
| https://hub.docker.com/r/staphb/ariba/ |
| https://github.com/sanger-pathogens/ariba |
| https://hub.docker.com/r/staphb/artic-ncov2019 |
| https://github.com/artic-network/fieldbioinformatics |
| https://hub.docker.com/r/staphb/artic-ncov2019-medaka |
| https://github.com/artic-network/artic-ncov2019 |
| https://hub.docker.com/r/staphb/artic-ncov2019-nanopolish |
| https://github.com/artic-network/artic-ncov2019 |
| https://github.com/nextstrain/augur |
| https://github.com/nextstrain/augur |
| https://github.com/nextstrain/auspice |
| https://github.com/nextstrain/auspice |
| https://hub.docker.com/r/staphb/bbtools/ |
| [***] |
| https://hub.docker.com/r/staphb/bcftools/ |
| https://github.com/samtools/bcftools |
| https://hub.docker.com/r/staphb/bedtools/ |
| [***] https://github.com/arq5x/bedtools2 |
| https://hub.docker.com/r/staphb/bwa |
| https://github.com/lh3/bwa |
| https://hub.docker.com/r/staphb/canu |
| [***] https://github.com/marbl/canu |
| https://hub.docker.com/r/staphb/canu-racon/ |
| [***] https://github.com/lbcb-sci/racon https://github.com/isovic/racon (已归档) https://lh3.github.io/minimap2/ |
| https://hub.docker.com/r/staphb/centroid/ |
| https://github.com/stjacqrm/centroid |
| https://hub.docker.com/r/staphb/cdc-spn/ |
| https://github.com/BenJamesMetcalf/Spn_Scripts_Reference |
| https://hub.docker.com/r/staphb/cfsan-snp-pipeline |
| https://github.com/CFSAN-Biostatistics/snp-pipeline |
| https://hub.docker.com/r/staphb/circlator |
| https://github.com/sanger-pathogens/circlator |
| https://hub.docker.com/r/staphb/clustalo |
| [***] |
| https://hub.docker.com/r/staphb/colorid |
| https://github.com/hcdenbakker/colorid |
| https://hub.docker.com/r/staphb/cutshaw-report-env |
| https://github.com/VADGS/CutShaw |
| https://hub.docker.com/r/staphb/emm-typing-tool |
| https://github.com/phe-bioinformatics/emm-typing-tool |
| https://hub.docker.com/r/staphb/fastani |
| https://github.com/ParBLiSS/FastANI |
| https://hub.docker.com/r/staphb/fasttree |
| [***] |
| https://hub.docker.com/r/staphb/fastqc |
| [***] https://github.com/s-andrews/FastQC |
| https://hub.docker.com/r/staphb/filtlong |
| https://github.com/rrwick/filtlong |
| https://hub.docker.com/r/staphb/flye |
| https://github.com/fenderglass/Flye |
| https://hub.docker.com/r/staphb/hmmer |
| [***] |
| https://hub.docker.com/r/staphb/iqtree/ |
| [***] |
| https://hub.docker.com/r/staphb/iqtree2/ |
| [***] |
| https://hub.docker.com/r/staphb/ivar/ |
| https://github.com/andersen-lab/ivar |
| https://hub.docker.com/r/staphb/kma/ |
| [***] |
| https://hub.docker.com/r/staphb/kraken/ |
|
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 artic-ncov2019 镜像标签
docker pull docker.xuanyuan.run/staphb/artic-ncov2019:<标签>
DockerHub 原生拉取命令
docker pull staphb/artic-ncov2019:<标签>
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镜像拉取常见问题
功能
排错
用户好评
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oldzhang
运维工程师
Linux服务器
5
"Docker访问体验非常流畅，大镜像也能快速完成下载。"