热门搜索:
staphb/artic-ncov2019-medaka
staphb
该镜像包含基于medaka的Artic-ncov2019 pipeline工具集，用于新冠病毒基因组测序数据的质控、组装与变异检测，适用于公共卫生监测和科研分析场景。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：staphb仓库类型：镜像最近更新：5 年前
让 AI 帮你使用轩辕镜像？ · 展开查看说明
如果你使用 DeepSeek、元宝 AI、Copilot、ChatGPT 等 AI 工具，协助配置轩辕镜像、编写 docker pull 命令、修改 Docker Compose 镜像地址、配置镜像加速、排查镜像拉取失败、分析报错日志等问题，请先让 AI 阅读并遵守轩辕镜像的规则文档。
只需在 AI 对话中先发送下面这句话即可：
请先完整阅读并严格遵守以下文档中的全部规则与要求：
https://xuanyuan.cloud/agents.md
在未充分阅读并理解该文档前，不要生成任何命令、配置、修改建议、故障排查方案或技术回答。后续所有输出都必须严格以该文档中的规范为最高优先级执行。查看 agents.md 用法指南与完整示范。国内用户首推 元宝 AI、DeepSeek 的深度思考模式，不推荐豆包 AI；Cursor 等编辑器可在对话 @ 该链接，或加入 User Rules。 若 AI 无法访问外链，可 打开说明文档 复制全文粘贴。文档会随站点更新，复制内容可能过期，建议定期检查。
staphb/artic-ncov2019-medaka镜像说明
镜像概述
本镜像由StaPH-B（州公共卫生实验室生物信息学联盟）开发，整合了Artic-ncov2019 pipeline（基于medaka）及相关生物信息学工具，用于新冠病毒基因组测序数据的标准化分析。镜像支持Docker与Singularity容器格式，便于跨环境部署，是公共卫生监测和病毒进化研究的实用工具。
核心功能
- 新冠病毒基因组测序数据的质控与过滤
- 基于medaka的基因组组装与碱基校正
- 变异位点检测与注释
- 兼容Singularity容器，满足非Docker环境需求
使用场景
- 公共卫生实验室的新冠病毒基因组监测
- 科研机构的病毒进化分析与谱系追踪
- 临床样本的基因组数据快速处理
配置说明
- 需挂载本地数据目录到容器内的
/data路径 - 通过命令行参数指定输入数据路径、输出目录及分析参数（如medaka模型）
- 参考https://github.com/artic-network/artic-ncov2019%E8%8E%B7%E5%8F%96%E8%AF%A6%E7%BB%86%E5%8F%82%E6%95%B0%E9%85%8D%E7%BD%AE
部署示例
Docker Run命令
bashdocker run -v /本地数据目录:/data staphb/artic-ncov2019-medaka artic pipeline \ --input /data/raw_reads \ --output /data/analysis_results \ --medaka-model r941_min_high_g360
说明
/本地数据目录需替换为实际本地数据路径--medaka-model参数可根据测序平台选择对应模型（如r941_min_high_g360适用于Oxford Nanopore R9.4.1测序数据）- 更多参数可通过
docker run staphb/artic-ncov2019-medaka artic pipeline --help查看
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 artic-ncov2019-medaka 镜像标签
docker pull docker.xuanyuan.run/staphb/artic-ncov2019-medaka:<标签>
DockerHub 原生拉取命令
docker pull staphb/artic-ncov2019-medaka:<标签>
更多 artic-ncov2019-medaka 镜像推荐
staphb/artic-ncov2019
staphb
为StaPH-B（州公共卫生实验室生物信息学）联盟成员提供多种生物信息学工具的Docker镜像仓库，集中化管理镜像，提供清晰的构建与使用文档，支持用户贡献和问题反馈。
1 次收藏5万+ 次下载
4 年前更新
nanozoo/medaka
nanozoo
基于nanoporetech/medaka项目的Docker镜像，用于纳米孔测序数据（fastq格式）的polishing处理，提升测序结果准确性。
2 次收藏5.6千+ 次下载
1 年前更新
staphb/artic
staphb
暂无描述
1万+ 次下载
22 天前更新
nanozoo/artic-ncov2019
nanozoo
暂无描述
184 次下载
5 年前更新
nanozoo/artic
nanozoo
暂无描述
1万+ 次下载
3 年前更新
eclipsefdn/www-eclipse-org-projects-articles
eclipsefdn
暂无描述
4.3千+ 次下载
5 天前更新
镜像拉取常见问题
功能
排错
用户好评
来自真实用户的反馈，见证轩辕镜像的优质服务
oldzhang
运维工程师
Linux服务器
5
"Docker访问体验非常流畅，大镜像也能快速完成下载。"