staphb/canu
staphb
Canu是一款用于大小基因组的单分子序列组装工具，支持PacBio、Oxford Nanopore等单分子测序数据的组装，助力科研人员开展基因组学研究。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：staphb仓库类型：镜像最近更新：1 年前
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staphb/canu镜像说明
镜像概述
staphb/canu是StaPH-B（州公共卫生实验室生物信息学）联盟维护的Docker镜像之一，提供Canu单分子序列组装工具的容器化版本，简化工具部署流程，方便科研人员快速开展基因组组装分析。
核心功能
- 支持PacBio、Oxford Nanopore等单分子测序数据的基因组组装
- 适配大小基因组（细菌、真菌及大型真核生物）的组装需求
- 包含序列纠错、组装和收尾的完整流程
使用场景
- 微生物基因组学研究中的单分子测序数据组装
- 大型真核生物基因组项目的组装环节
- 科研人员对单分子测序数据进行高效分析
配置说明
使用时需将本地数据目录挂载到容器内，确保工具可访问输入数据并输出结果。
Docker部署示例
基础运行命令
bashdocker run -v /本地数据路径:/data docker.xuanyuan.run/staphb/canu canu \ -p output_prefix \ -d /data/output_dir \ genomeSize=5m \ -pacbio-raw /data/input_reads.fastq.gz
参数说明：
-v /本地数据路径:/data：挂载本地数据目录到容器的/data路径output_prefix：输出文件的前缀名称output_dir：结果输出目录（位于容器内/data下）genomeSize=5m：目标基因组大小（根据实际调整，如1g表示1GB）-pacbio-raw：指定输入为PacBio原始数据（Oxford Nanopore数据用-nanopore-raw）
多样本组装示例
bashdocker run -v /本地样本路径:/samples staphb/canu canu \ -p sample_assembly \ -d /samples/result \ genomeSize=10m \ -nanopore-raw /samples/sample1.fastq.gz /samples/sample2.fastq.gz
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
DockerHub 原生拉取命令
docker pull staphb/canu:<标签>
镜像拉取常见问题
功能
错误码
用户好评
来自真实用户的反馈，见证轩辕镜像的优质服务
oldzhang
运维工程师
Linux服务器
5
"Docker访问体验非常流畅，大镜像也能快速完成下载。"