terraref/brapi
terraref
自动构建
TERRA-REF项目中BETY数据库的BrAPI标准实现，提供农业试验、种质、观测等数据的标准化API接口，支持数据查询与交互。
下载次数: 0状态：自动构建维护者：terraref仓库类型：镜像最近更新：5 年前
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TERRA-REF Breeder's API（BRAPI）
本镜像为TERRA-REF项目中BETYdb数据库（terraref.org/bety）的BrAPI标准实现，用于提供农业数据的标准化API接口，支持试验、种质、观测等数据的查询与交互。
BETY到BrAPI模型的映射关系
| BRAPI接口 | BETY数据库对象 | 备注 |
|---|---|---|
| /calls | 生成数据 | - |
| /events | 管理记录 | - |
| /locations | 站点组 | 经纬度由站点组内的站点计算得出 |
| /seasons | 试验 | 季节由开始日期的月份和年份确定 |
| /germplasm | 品种 | - |
| /observations | 性状 | - |
| /variables | 变量 | - |
已实现的端点及参数
详细信息请查看Swagger文档。
/calls dataType paging /commoncropnames paging /events date eventDbId eventDescription eventParameters eventType observationUnitDbIds studyDbId /locations locationType - 不可用 paging /locations/{locationDbId} /trials commonCropName programDbId locationDbId - 不支持 active - 不可用 sorting - 不支持 paging /programs commonCropName programName abbreviation paging /seasons seasonDbId season year paging /studies commonCropName - 不支持 studyTypeDbId - 不可用 programDbId - 不支持 locationDbId seasonDbId trialDbId - 不支持 studyDBId active - 不可用 sorting paging /studies/{studyDbId} /studies/{studyDbId}/germplasm paging /studies/{studyDbId}/layouts paging /observationunits germplasmDbId observationVariableDbId studyDbId locationDbId trialDbId - 不支持 programDbId - 不支持 seasonDbId observationLevel - 不可用 observationTimeStampRangeStart observationTimeStampRangeEnd paging /germplasm germplasmPUI germplasmDbId germplasmName commonCropName paging /variables name observationVariableName observationVariableDbID scale
开发环境搭建步骤
假设已安装以下工具：
- https://www.docker.com/products/docker-desktop%EF%BC%88%E8%BF%90%E8%A1%8CBETYdb%EF%BC%89
- https://www.postman.com/%EF%BC%88%E6%B5%8B%E8%AF%95API%EF%BC%89
- https://www.jetbrains.com/pycharm/%EF%BC%88%E5%BC%80%E5%8F%91%EF%BC%89
运行BETYdb开发实例
初始化数据库并同步最新数据：
bashdocker-compose up -d postgres docker-compose run --rm bety initialize docker-compose run --rm bety sync
注意：若端口5432被占用，需停止本地或Docker中的其他Postgres实例。
配置PyCharm
- 进入Run → Edit Configurations
- 名称设为"server"
- 脚本路径设为
<本地路径>/brapi/server.py - 启动服务器后，用Postman访问
http://localhost:5000/brapi/v1/calls验证API可用性
端点变更与新增
- 修改
api/<端点>.py后重启服务器验证变更 - 新增端点需在
api文件夹下创建对应文件（如api/locations.py），并实现search函数
数据库浏览与测试
浏览BETY数据
bashdocker-compose up -d bety
启用guest用户：
sqlINSERT INTO users (login, name, email, crypted_password, salt, city, state_prov, postal_code, country, area, access_level, page_access_level, created_at, updated_at, apikey, remember_token, remember_token_expires_at) VALUES ('guestuser', 'guestuser', 'betydb@example.com', '994363a949b6486fc7ea54bf40335127f5413318', 'bety', 'Urbana', 'IL', '61801', 'USA', '', 4, 4, NOW(), NOW(), NULL, NULL, NULL);
测试功能
用BRAVA检查代码：
bashdocker-compose up -d brava docker-compose up -d brapi
访问http://localhost:8080/进入BRAVA UI，测试URL为http://brapi:5000/brapi/v1（Docker运行）或http://host.docker.internal:5000/brapi/v1（本地运行）。
数据库配置与扩展
/contrib/文件夹包含种质元数据、表型本体等扩展数据，contrib/locations_setup.sql用于配置站点组关联（已集成到TERRA-REF数据）。
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
DockerHub 原生拉取命令
docker pull terraref/brapi:<标签>
镜像拉取常见问题
功能
错误码
用户好评
来自真实用户的反馈，见证轩辕镜像的优质服务
oldzhang
运维工程师
Linux服务器
5
"Docker访问体验非常流畅，大镜像也能快速完成下载。"