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用于验证AnVIL中PRIMED数据模型的镜像
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PRIMED数据模型验证镜像
镜像概述和主要用途
该镜像包含运行WDL工作流所需的代码和依赖项，用于对照数据模型检查AnVIL中的文件。代码托管于GitHub。主要用途是验证AnVIL平台中的文件是否符合PRIMED数据模型规范，确保数据格式和内容的一致性与合规性。
核心功能和特性
- WDL工作流执行：内置运行WDL工作流的能力，可自动化执行文件验证流程
- 数据模型检查：对照PRIMED数据模型对AnVIL文件进行合规性校验
- 依赖集成：包含所有必要的运行时依赖，实现开箱即用的验证环境
- 开源可扩展：代码开源托管于GitHub，支持根据需求进行定制和扩展
使用场景和适用范围
使用场景
- AnVIL平台上的数据质量控制流程
- 数据提交前的PRIMED模型合规性检查
- 批量文件的自动化数据验证任务
适用范围
- 使用AnVIL平台进行数据管理的科研团队
- 遵循PRIMED数据模型规范的生物信息学项目
- 需要确保数据格式一致性的数据管理工作流
使用方法和配置说明
基本使用流程
- 拉取镜像：
docker pull uwgac/primed-file-checks:latest（具体镜像标签请参考GitHub文档） - 准备验证资源：
- AnVIL文件目录（需挂载到容器内）
- PRIMED数据模型配置文件（如需自定义）
- 执行验证工作流：通过运行容器内的WDL工作流脚本启动验证
示例部署命令
# 基本验证命令（具体参数需根据实际场景调整） docker run -v /local/anvil/files:/data/anvil \ -v /local/model/config:/data/model \ uwgac/primed-file-checks:latest \ wdltool run validate_workflow.wdl -i /data/model/input_params.json
配置说明
详细的WDL工作流参数、输入文件格式及配置选项，请参考GitHub代码库中的官方文档。主要配置项包括：
- 输入文件路径：指定待验证的AnVIL文件位置
- 数据模型版本：选择PRIMED数据模型的具体版本
- 输出报告路径：设置验证结果报告的生成位置
- 日志级别：控制验证过程的日志详细程度
注意事项
- 确保挂载的本地目录具有正确的读写权限
- 大文件验证可能需要配置适当的容器内存资源
- 验证结果将以结构化报告形式输出，包含合规性检查详情和异常提示
ncsa/checks
by University of Illinois at Urbana-Champagin
NCSA CHECKS是一个Kubernetes init容器镜像，用于检查依赖服务（如RabbitMQ、PostgreSQL、MongoDB、URL）是否就绪，确保服务可连接后才允许主容器启动，支持多种服务的连接性验证。
100K+ pulls
上次更新：2 个月前
cellprofiler/distributed-cellprofiler
by Broad Institute of MIT and Harvard
分布式CellProfiler的官方镜像，用于生物医学图像的分布式分析与处理。
1500K+ pulls
上次更新：1 个月前
docker/dockerfile
by Docker, Inc.
认证
这些是官方提供的Dockerfile前端镜像，主要功能是支持通过BuildKit构建Dockerfile，作为构建流程中的关键前端工具，能够有效配合BuildKit提升Dockerfile的构建效率、安全性与灵活性，为开发者提供官方认可的标准化构建方案，适用于各类基于Docker的应用开发与部署场景，确保构建过程的稳定可靠及操作便捷性。
123500M+ pulls
上次更新：18 天前
airbyte/source-file
by Airbyte
认证
暂无描述
500K+ pulls
上次更新：5 天前
常见问题
轩辕镜像免费版与专业版有什么区别？
免费版仅支持 Docker Hub 加速，不承诺可用性和速度；专业版支持更多镜像源，保证可用性和稳定速度，提供优先客服响应。
轩辕镜像免费版与专业版有分别支持哪些镜像？
免费版仅支持 docker.io；专业版支持 docker.io、gcr.io、ghcr.io、registry.k8s.io、nvcr.io、quay.io、mcr.microsoft.com、docker.elastic.co 等。
流量耗尽错误提示
当返回 402 Payment Required 错误时，表示流量已耗尽，需要充值流量包以恢复服务。
410 错误问题
通常由 Docker 版本过低导致，需要升级到 20.x 或更高版本以支持 V2 协议。
manifest unknown 错误
先检查 Docker 版本，版本过低则升级；版本正常则验证镜像信息是否正确。
镜像拉取成功后，如何去掉轩辕镜像域名前缀？
使用 docker tag 命令为镜像打上新标签，去掉域名前缀，使镜像名称更简洁。
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