vistalab/freesurfer

vistalab/freesurfer

该Docker镜像提供了功能齐全的无头版本Freesurfer v5.3.0，适用于脑成像数据的处理分析。

注意事项

• 您必须阅读并同意许可协议，且在使用软件前https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/registration.html%E3%80%82
• 获得许可后，请编辑许可文件以反映您的许可信息。
• 您也可以修改build.sh来调整镜像标签（默认标签为vistalab/freesurfer）。
• 生成的镜像大小约为8GB。

构建镜像

要构建镜像，请从仓库下载文件或克隆仓库：

git clone https://github.com/vistalab/docker
cd docker/freesurfer/v5.3.0-base/
./build.sh

使用示例

要运行Freesurfer命令（如recon-all），可执行以下命令：

docker run --rm -ti \
  -v </path/to/input/data>:/input \
  -v </path/for/output/data>:/opt/freesurfer/subjects \
  vistalab/freesurfer \
  recon-all -i /input/<t1_file.nii.gz> -subjid <subjectID> -all

• 注意：您需要通过-v参数将包含数据的目录挂载到容器内的/input，并将输出目录挂载到容器内的/opt/freesurfer/subjects（Freesurfer默认的受试者目录）。
• Freesurfer可执行文件名称及其参数（相对于容器）应放在docker run命令的末尾。请记住，如果这些输入是文件或其他资源，它们也必须挂载到容器中，并且需要提供相对于容器的完整路径。