bioconductor/devel_base2

Bioconductor Dockers - 已弃用

弃用通知

本系列镜像及代码已被弃用，推荐使用替代仓库：https://github.com/Bioconductor/bioconductor_docker%E3%80%82%E6%88%91%E4%BB%AC%E5%B0%86%E6%94%AF%E6%8C%81%E8%BF%99%E4%BA%9B%E5%AE%B9%E5%99%A8%E8%87%B3Release 3.11版本，当前Release 3.10是最后维护的版本。

镜像概述

本仓库包含面向Bioconductor用户的多个Docker容器的Dockerfile，提供生物信息学开发所需的基础环境。关于可用容器、安装及修改的更多信息，可访问Bioconductor Docker页面或Docker安装指南。

核心功能

• 提供Bioconductor开发分支的基础运行环境
• 支持生物信息学相关包的开发、测试与部署
• 包含多种细分场景的容器版本（如core、protmetcore等）

使用场景

• 生物信息学研究者进行包开发与功能测试
• 需要快速搭建Bioconductor开发环境的用户
• 学习Bioconductor工具链的入门实践

配置说明与部署示例

基础Docker命令

以下是常用操作示例（部分命令需sudo权限）：

• 拉取镜像：docker pull bioconductor/devel_base2
• 后台运行容器：docker run -itd bioconductor/devel_base2
• 查看运行容器：docker ps
• 进入容器终端：docker exec -it <容器ID/名称> /bin/bash

挂载本地卷示例

将本地R包目录映射到容器（使本地包在容器内可用）：

bash
docker run -v /本地/R包路径:/usr/local/lib/R/host-site-library -it bioconductor/devel_base2

用户账户说明

命令行运行时建议使用bioc用户账户：

bash
docker run -ti --user bioc bioconductor/devel_base2 R

更多帮助

详细使用指南请参考：[***]