bioconductor/devel_core2

Bioconductor Dockers - 已弃用

弃用通知

这套镜像和代码已被弃用，建议使用 https://github.com/Bioconductor/bioconductor_docker。

我们将支持这些容器直到Release 3.11版本，即当前的3.10版本是最后一个维护版本。

概述

本仓库包含面向Bioconductor用户的不同Docker容器的Dockerfile。关于可用容器、安装和修改的更多信息，请访问 http://bioconductor.org/help/docker/ 或 https://docs.docker.com/installation/。

可用Docker容器

另请参见 http://bioconductor.org/help/docker/。

由Bioconductor核心团队维护：***

由Steffen Neumann维护：***

作为“PhenoMeNal”项目的一部分维护，该项目由Horizon2020 grant 654241资助。

由Laurent Gatto维护：***

由RGLab维护：***

Docker通用使用方法

流行Docker命令的详细指南可在 https://github.com/wsargent/docker-cheat-sheet 找到。为方便起见，以下是一些入门命令（注意：可能需要在每个命令前添加sudo）：

列出本地可用的Docker镜像

bash
docker images

列出正在运行的容器

bash
docker ps

列出所有容器

bash
docker ps -a

获取容器IP地址

bash
docker inspect --format '{{ .NetworkSettings.IPAddress }}' <name>

获取公共Docker镜像

bash
docker pull docker.xuanyuan.run/<name>

启动时保持容器运行

bash
docker run -itd <name>

关闭容器

bash
docker stop <name>

恢复容器

bash
docker start <name>

删除容器

bash
docker rm <name>

进入运行中的容器（以下任一命令）

bash
docker exec -it <name> /bin/bash
docker attach <name>

挂载卷

可以挂载/映射额外的卷或目录，例如将本地R安装目录挂载到Docker中使用。Docker镜像中应映射到额外卷的路径是 /usr/local/lib/R/host-site-library。以下示例将本地安装的包挂载到该Docker目录，该路径会自动加载到Docker镜像的R .libPaths中，所有本地安装的包都可使用：

bash
sudo docker run -v /home/lori/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5-BioC-3.8:/usr/local/lib/R/host-site-library -it <name>

用户账户

如果在命令行运行而非使用rstudio，请使用bioc用户账户：

bash
sudo docker run -ti --user bioc <name> R

构建和修改Bioconductor Docker镜像

Bioconductor的Dockerfile不直接编辑。相反，对于每个biocView，都有一个通用的Dockerfile.in文件，通过运行rake命令生成release和devel分支的两个输出文件。所有创建过程由Rakefile控制，它会处理任何依赖项（如*.in文件）的更改。例如，核心包的BioC开发分支的Dockerfile由src/core/Dockerfile.in创建，并放置到out/devel_core/Dockerfile中。

更多帮助

另请参见 https://bioconductor.org/help/docker/