ersiliaos/eos11sm
ersiliaos
该镜像提供基于约600种已知抗生素参考列表的化合物相似度评估工具，通过逻辑回归计算Tanimoto相似度得分，用于识别与已知抗生素相似的化合物，适用于虚拟筛选中去除非理想化合物。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：ersiliaos仓库类型：镜像最近更新：3 个月前
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已知抗生素相似度评估工具
镜像概述和主要用途
该镜像提供基于约600种已知抗生素参考列表的化合物相似度评估功能，参考抗生素来源于AntibioticDB和MIT Collins实验室。通过逻辑回归模型计算多种分子指纹的Tanimoto相似度得分，可识别与已知抗生素相似的化合物，主要用于虚拟筛选中去除非理想化合物。模型于2025年11月24日整合，最后打包时间为2026年3月23日。
核心功能和特性
- 基于约600种已知抗生素的精选参考列表
- 采用逻辑回归算法，综合多种分子指纹的Tanimoto相似度计算得分
- 输出标准化相似度得分（0-1），1表示高相似度，0表示低相似度
- 固定输出维度，结果一致性高
使用场景和适用范围
- 任务领域：化合物活性预测与注释
- 生物医学领域：抗菌药物研发、抗菌耐药性研究
- 适用场景：虚拟筛选中化合物初筛、抗生素类化合物识别、药物研发中的化合物优先级排序
- 目标生物：适用于任何目标生物的化合物评估
详细使用方法和配置说明
输入输出说明
输入
- 输入类型：化合物（Compound）
- 输入维度：1（单次处理一个化合物）
输出
- 输出维度：1
- 输出一致性：固定
- 结果解释：得分1表示与已知抗生素高度相似，得分0表示相似度低
输出列详情：
| 名称 | 类型 | 方向 | 描述 |
|---|---|---|---|
| abx_score | float | high | 表示化合物为抗生素的可能性得分 |
部署与使用
前提条件
需安装Ersilia CLI工具（https://github.com/ersilia-os/ersilia%EF%BC%89
模型获取与运行步骤
- 获取模型：
bash# 从Ersilia模型库获取模型 ersilia fetch eos11sm
- 启动服务：
bash# 启动模型服务 ersilia serve eos11sm
- 生成示例输入文件：
bash# 生成包含3个示例化合物的输入文件 ersilia example -n 3 -f my_input.csv
- 运行模型：
bash# 输入文件为my_input.csv，输出结果保存至my_output.csv ersilia run -i my_input.csv -o my_output.csv
- 关闭服务：
bash# 关闭模型服务 ersilia close
资源消耗
- 模型大小：6 Mb
- 环境大小：785 Mb
- 镜像大小：733.1 Mb
计算性能（秒）：
- 10个输入：36.22
- 100个输入：28.33
- ***个输入：138.61
部署信息
- DockerHub：https://hub.docker.com/r/ersiliaos/eos11sm
- Docker架构：AMD64
- S3存储：https://ersilia-models-zipped.s3.eu-central-1.amazonaws.com/eos11sm.zip
参考信息
- 标识符：
- Ersilia标识符：eos11sm
- Slug：known-antibiotic-resemblance
- 领域分类：
- 任务：Annotation
- 子任务：Activity prediction
- 生物医学领域：Antimicrobial resistance
- 目标生物：Any
- 标签：Antimicrobial activity
- 源代码：https://github.com/ersilia-os/ersilia
- 出版物：[***]
- Ersilia贡献者：https://github.com/miquelduranfrigola
许可信息
- 本软件包采用https://github.com/ersilia-os/ersilia/blob/master/LICENSE%E8%AE%B8%E5%8F%AF
- 包含的模型采用GPL-3.0-or-later许可
注意：Ersilia直接从原作者处提供模型，使用时请参考原始代码仓库和/或出版物。
关于Ersilia
[***]
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
DockerHub 原生拉取命令
docker pull ersiliaos/eos11sm:<标签>
镜像拉取常见问题
功能
错误码
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