ersiliaos/eos157v
ersiliaos
基于MoleculeNet的FreeSolv数据集，使用GROVER transformer训练的小分子水合自由能预测模型，可计算化合物的水合自由能（单位kcal/mol），适用于ADMET领域的性质预测，帮助理解分子与结合位点的相互作用。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：ersiliaos仓库类型：镜像最近更新：3 个月前
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小分子水合自由能模型
镜像概述
本镜像基于MoleculeNet的FreeSolv数据集，集成了通过实验和计算获得的小分子水合自由能模型。水合自由能对于理解溶液中分子与其结合位点的相互作用具有重要意义。该模型使用GROVER transformer进行训练（分子特征化步骤详情参见eos7w6n或grover-embedding）。模型于2022年7月13日整合，最后打包时间为2026年3月10日。
基本信息
标识符
- Ersilia标识符：
eos157v - Slug：
grover-freesolv
领域信息
- 任务：
Annotation（注释） - 子任务：
Property calculation or prediction（性质计算或预测） - 生物医学领域：
ADMET（药物的吸收、分布、代谢、排泄和毒性） - 目标生物：
Any（任意） - 标签：
MoleculeNet、Chemical graph model（化学图模型）、Quantum properties（量子性质）
输入信息
- 输入类型：
Compound（化合物） - 输入维度：
1
输出信息
- 输出维度：
1 - 输出一致性：
Fixed（固定） - 解释：计算得到的水合自由能，单位为kcal/mol
输出列说明：
| 名称 | 类型 | 方向 | 描述 |
|---|---|---|---|
| freesolv | float | low | 水合自由能（单位：kcal/mol） |
来源与部署
- 来源：
Local（本地） - 来源类型：
External（外部） - DockerHub：https://hub.docker.com/r/ersiliaos/eos157v
- Docker架构：
AMD64 - S3存储：https://ersilia-models-zipped.s3.eu-central-1.amazonaws.com/eos157v.zip
资源消耗
- 模型大小（Mb）：
1292 - 环境大小（Mb）：
2406 - 镜像大小（Mb）：
6306.9
计算性能（秒）：
- 10个输入：
34.74 - 100个输入：
160.3 - ***个输入：
-1（未提供）
参考文献
- 源代码：https://github.com/tencent-ailab/grover
- 论文：https://arxiv.org/abs/2007.02835
- 论文类型：
Preprint（预印本） - 发表年份：
2020 - Ersilia贡献者：https://github.com/Amna-28
许可证
本软件包采用https://github.com/ersilia-os/ersilia/blob/master/LICENSE%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E8%AF%81%E3%80%82%E5%8C%85%E4%B8%AD%E5%8C%85%E5%90%AB%E7%9A%84%E6%A8%A1%E5%9E%8B%E9%87%87%E7%94%A8MIT%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E8%AF%81%E3%80%82
注意：Ersilia直接从原作者处提供模型访问，使用模型进行研究时，请参考原始代码仓库和/或论文。
使用方法
要在本地使用此模型，需先安装https://github.com/ersilia-os/ersilia%E3%80%82
获取模型
通过以下命令从Ersilia模型中心获取模型：
bash# 从Ersilia模型中心获取模型 ersilia fetch eos157v
服务与运行
获取模型后，可按以下步骤启动服务、运行模型和关闭服务：
bash# 启动模型服务 ersilia serve eos157v # 生成示例输入文件（3个样本） ersilia example -n 3 -f my_input.csv # 运行模型，输入文件为my_input.csv，输出结果保存至my_output.csv ersilia run -i my_input.csv -o my_output.csv # 关闭模型服务 ersilia close
关于Ersilia
[***]
如果发现此模型对您的研究有用，请https://github.com/ersilia-os/ersilia/blob/master/CITATION.cffErsilia%E6%A8%A1%E5%9E%8B%E4%B8%AD%E5%BF%83%E3%80%82%E8%BF%90%E8%A1%8C%E6%A8%A1%E5%9E%8B%E6%97%B6%E9%81%87%E5%88%B0%E4%BB%BB%E4%BD%95%E9%97%AE%E9%A2%98%EF%BC%8C%E8%AF%B7%E9%9A%8F%E6%97%B6https://github.com/ersilia-os/ersilia/issues%E3%80%82
如果您想为我们的使命做出贡献，欢迎考虑https://www.ersilia.io/donate%E6%94%AF%E6%8C%81Ersilia%EF%BC%81
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
DockerHub 原生拉取命令
docker pull ersiliaos/eos157v:<标签>
镜像拉取常见问题
功能
错误码
用户好评
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oldzhang
运维工程师
Linux服务器
5
"Docker访问体验非常流畅，大镜像也能快速完成下载。"